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Glossario campione campione di riferimento Campione o Standard (10✕) chimica Il templato in corso di test. In esperimenti con curva standard relativa e C T (∆∆C T ) comparativo, il campione viene utilizzato come base per i risultati di quantificazione relativa. Noto anche come calibratore. Componente della reazione visualizzato sulla scheda Reaction Mix Calculations (Calcoli miscela di reazione) della schermata Reaction Setup (Impostazione reazione). Il software presuppone che il campione o lo standard aggiunto alla miscela di reazione sia a una concentrazione 10✕. Ad esempio, se il volume della reazione è 20 µl, il volume calcolato del campione o dello standard per la reazione 1 è di 2 µl. Vedere reagenti. ciclo soglia Vedere ciclo soglia (C T ). ciclo soglia (C T ) coefficienti di regressione colorante colorante di sistema Il numero del ciclo PCR in cui il ∆R n incontra la soglia nel plot di amplificazione. Valori calcolati dalla linea di regressione nella curva standard, inclusi il valore R 2 , la pendenza e l'intercetta y. È possibile utilizzare i valori del coefficiente di regressione per valutare la qualità dei risultati provenienti dagli standard. Vedere anche curva standard. Reagente che contiene il colorante del sistema. I coloranti vengono utilizzati per eseguire una calibrazione di colorante sul Sistema StepOne . Vedere anche colorante del sistema. Colorante prodotto da Applied Biosystems e precalibrato sul Sistema StepOne . Coloranti di sistema: • Colorante FAM • Colorante JOE • Colorante ROX • Colorante SYBR ® Green • Colorante VIC ® colorante personalizzato Colorante non prodotto da AppliedBiosystems. È possibile utilizzare coloranti personalizzati per eseguire gli esperimenti PCR in tempo reale sul Sistema StepOne . Prima di utilizzare coloranti personalizzati, eseguire una calibrazione specifica per il colorante. IMPORTANTE! Applied Biosystems non raccomanda l'uso del colorante TAMRA come reporter o quencher con il Sistema StepOne . colore del target Colore assegnato a un target per identificare il target nel layout piastra e nei plot di analisi. 116 Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.
Glossario Concentrazione del campione diluito (10✕ per Miscela di reazione) configurazione colocata configurazione indipendente controllo endogeno controllo negativo (NC, Negative Control) controllo positivo controllo positivo interno (IPC) controllo senza amplificazione (NAC, No Amplification Control) controllo senza templato (NTC, No Template Control) C T C T automatico Campo software visualizzato sulla scheda Sample Dilution Calculations (Calcoli diluizione campione) della schermata Reaction Setup (Impostazione reazione). Per questo campo, immettere la concentrazione del campione che si desidera utilizzare da aggiungere alla miscela di reazione per tutti i campioni nell'esperimento. “10✕ per Miscela di reazione” indica che il software presuppone che il componente campione o standard della miscela di rezione si trovi in concentrazione 10✕. Ad esempio, se la concentrazione del campione diluito è di 50,0 ng/µl (10✕), la concentrazione finale del campione nella reazione è di 5 ng/µl (1✕). Disposizione del sistema in cui lo Strumento StepOne è collegato direttamente a un computer co-locato dal cavo giallo del Sistema StepOne . In questa configurazione, lo Strumento StepOne viene controllato attraverso il software StepOne presente sul computer co-locato. Disposizione del sistema in cui lo Strumento StepOne non è collegato a un computer dal cavo giallo del Sistema StepOne . Viene invece utilizzata un'unità USB ( ) per il trasferimento dei dati tra i componenti del Sistema StepOne . In questa configurazione, lo Strumento StepOne viene controllato attraverso il touchscreen dello strumento stesso. Target che deve essere agli stessi livelli in tutti i campioni da testare. Utilizzato negli esperimenti con curva standard relativa e C T (∆∆C T ) comparativo per la normalizzazione dei segnali di fluorescenza per il target in corso di quantificazione. Noto anche come gene di riferimento. In esperimenti del Sistema StepOne , l'operazione assegnata ai target o ai saggi SNP in pozzetti che contengono acqua o buffer invece di un templato di campione. Nei pozzetti di controllo negativi non deve verificarsi alcuna amplificazione del target. Negli esperimenti di genotipizzazione, l'operazione per il saggio SNP nei pozzetti che contengono un templato di campione con un genotipo noto. Negli esperimenti di presenza/assenza, templato di DNA sintetico di piccole dimensioni che viene aggiunto alle reazioni della PCR. È possibile utilizzare l'IPC per distinguere tra i risultati negativi e le reazioni influenzate dagli inibitori della PCR, dall'impostazione errata del saggio o da un problema del reagente o dello strumento. Vedere pozzetti IPC bloccati a controllo negativo. Vedere controllo negativo (NC, Negative Control). Abbreviazione per ciclo soglia. Impostazione di analisi in cui il software calcola automaticamente la soglia e la linea di base nel plot di amplificazione. Il software utilizza la soglia e la linea di base per calcolare il ciclo soglia (C T ). Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire. 117
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Guida introduttiva Applied Biosyste
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Capitolo 3 Preparazione delle reazi
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Premessa Come utilizzare questa gui
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Premessa Come ottenere assistenza D
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Premessa Convenzioni sulla sicurezz
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Premessa Etichette di sicurezza sug
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Premessa Sicurezza dalle sostanze c
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Premessa Sicurezza dei rifiuti chim
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Premessa Sicurezza LED Alimentazion
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Premessa Norme di sicurezza e di co
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Capitolo 1 Introduzione Informazion
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Capitolo 1 Introduzione Come utiliz
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