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Capitolo 5 Analisi dell'esperimento Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica Eseguire una rivisualizzazione iniziale dei risultati nel Plot di discriminazione allelica, che contrasta la fluorescenza normalizzata del colorante reporter (R n ) per le sonde specifiche per l'allele del saggio SNP. Vedere “Lettura e analisi delle piastre” a pagina 6 per una descrizione completa del plot. Informazioni sui dai dell'esempio Rivisualizzazione del plot Per l'esperimento di esempio, verificare che il Plot di discriminazione allelica visualizzi: • Cluster per i tre possibili genotipi (omozigote allele 1, omozigote allele 2 ed eterozigote allele 1/2) • Un cluster per i controlli negativi 1. Nel pannello di navigazione, selezionare Allelic Discrimination Plot (Plot di discriminazione allelica). 2. Selezionare C__11711420_30 dal menu SNP Assay (Saggio SNP). • Se viene abilitato l'Autocaller, il Plot di discriminazione allelica visualizza i simboli degli alleli per ogni campione valutato per l'SNP selezionato. I campioni vengono raggruppati nel plot come segue: Simbolo Vengono raggruppati sul… I genotipi dei campioni sono… ● (rosso) Asse X del plot Omozigote per l'allele 1 del saggio SNP selezionato. ● (blu) Asse Y del plot Omozigote per l'allele 2 del saggio SNP selezionato. ● (verde) ■ (nero) Nel mezzo tra i cluster omozigoti Angolo in basso a sinistra del plot Eterozigoti per entrambi gli alleli del saggio SNP selezionato (allele 1 e allele 2). Un controllo negativo. ✕ (nero) Dovunque nel plot Indeterminati. • Qualora l'Autocaller sia non abilitato, il Plot di discriminazione allelica visualizza un simbolo a forma di X (✕ – Indeterminato) per ogni campione. 3. Per ogni cluster nel plot: a. Fare clic e trascinare una casella intorno al cluster per selezionare i pozzetti assocati nel layout di piastra e nella tabella pozzetto. b. Verificare che i pozzetti voluti vengano selezionati nella tabella pozzetto. Ad esempio, nel caso venga selezionato il cluster nell'angolo in basso a sinistra del plot, è possibile selezionare unicamente i controlli negativi. La presenza tra i controlli negativi di un controllo negativo non noto può indicare la mancata riuscita dell'amplificazione del campione. Note 70 Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.
Capitolo 5 Analisi dell'esperimento Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica c. Ripetere i passaggi 3a e 3b per tutti gli altri cluster nel plot. Elemento Menu a discesa SNP Assay (Saggio SNP) Menu a discesa Plot Type (Tipo di plot) Menu a discesa Apply Call (Applica richiesta) Barra degli strumenti Legenda Descrizione Determina i dati del saggio SNP che il software StepOne visualizza nel plot. Determina il tipo di plot (cartesiano o polare) che il software StepOne utilizzerà per la visualizzazione dei dati. Quando un datapoint viene selezionato, questo menu consente l'assegnazione di una richiesta di un allele al datapoint all'interno dello scatterplot. Contiene strumenti per intervenire sullo scatterplot: • – Seleziona i datapoint facendo clic sui singoli datapoint oppure facendo clic e trascinando una casella intorno a un gruppo di datapoint. • – Seleziona i datapoint racchiudendoli in una circonferenza. • – Riposiziona lo scatterplot. • – Ingrandisce lo scatterplot. • – Rimpicciolisce lo scatterplot. Un chiarimento sui simboli presenti nello scatterplot. La figura qui di seguito indica il Plot di discriminazione allelica dell'esperimento di esempio. Note Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di genotipizzazione RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire. 71
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Guida introduttiva Applied Biosyste
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Capitolo 3 Preparazione delle reazi
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Premessa Come utilizzare questa gui
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Premessa Come ottenere assistenza D
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