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Capitolo 5 Analisi dell'esperimento
Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica
Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica
Eseguire una rivisualizzazione iniziale dei risultati nel Plot di discriminazione allelica,
che contrasta la fluorescenza normalizzata del colorante reporter (R n ) per le sonde
specifiche per l'allele del saggio SNP. Vedere “Lettura e analisi delle piastre” a pagina 6
per una descrizione completa del plot.
Informazioni sui
dai dell'esempio
Rivisualizzazione
del plot
Per l'esperimento di esempio, verificare che il Plot di discriminazione allelica visualizzi:
• Cluster per i tre possibili genotipi (omozigote allele 1, omozigote allele 2 ed
eterozigote allele 1/2)
• Un cluster per i controlli negativi
1. Nel pannello di navigazione, selezionare Allelic Discrimination Plot (Plot di
discriminazione allelica).
2. Selezionare C__11711420_30 dal menu SNP Assay (Saggio SNP).
• Se viene abilitato l'Autocaller, il Plot di discriminazione allelica visualizza i
simboli degli alleli per ogni campione valutato per l'SNP selezionato.
I campioni vengono raggruppati nel plot come segue:
Simbolo Vengono raggruppati sul… I genotipi dei campioni sono…
● (rosso) Asse X del plot Omozigote per l'allele 1 del saggio SNP
selezionato.
● (blu) Asse Y del plot Omozigote per l'allele 2 del saggio SNP
selezionato.
● (verde)
■ (nero)
Nel mezzo tra i cluster
omozigoti
Angolo in basso a sinistra del
plot
Eterozigoti per entrambi gli alleli del saggio
SNP selezionato (allele 1 e allele 2).
Un controllo negativo.
✕ (nero) Dovunque nel plot Indeterminati.
• Qualora l'Autocaller sia non abilitato, il Plot di discriminazione allelica
visualizza un simbolo a forma di X (✕ – Indeterminato) per ogni campione.
3. Per ogni cluster nel plot:
a. Fare clic e trascinare una casella intorno al cluster per selezionare i pozzetti
assocati nel layout di piastra e nella tabella pozzetto.
b. Verificare che i pozzetti voluti vengano selezionati nella tabella pozzetto.
Ad esempio, nel caso venga selezionato il cluster nell'angolo in basso a sinistra
del plot, è possibile selezionare unicamente i controlli negativi. La presenza tra
i controlli negativi di un controllo negativo non noto può indicare la mancata
riuscita dell'amplificazione del campione.
Note
70
Guida introduttiva al sistema Applied Biosystems StepOne Real-Time PCR System per gli esperimenti di
genotipizzazione
RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.