Applied Biosystems StepOne™ System Real-Time PCR System ...
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Capitolo 5 Analisi dell'esperimento<br />
Visulizzazione del Plot di discriminazione allelica<br />
• È possibile che i campioni raggruppati con i controlli negativi:<br />
– Non contengano DNA<br />
– Contengano inibitori della <strong>PCR</strong><br />
– Siano omozigotici per una soppressione di sequenza<br />
• Verificare i risultati dei campioni non raggruppati in senso stretto o raggruppati con<br />
controlli negativi sottoponendoli nuovamente al test.<br />
• Se viene selezionato di eseguire reazioni di replicati, rivedere con cautela i gruppi di<br />
dati per gli outlier per verificare l'accuratezza delle richieste di genotipi. Se sono<br />
presenti outlier, verificare i risultati dei campioni associati sottoponendoli<br />
nuovamente al test.<br />
• Osservare il numero dei cluster nel plot. Se il Plot di discriminazione allelica<br />
contiene meno dei tre cluster di genotipi rappresentativi (eterozigotico, allele 1<br />
omozigotico e allele 2 omozigotico), è possibile che il software StepOne non abbia<br />
la capacità di eseguire la genotipizzazione dei campioni fino all'abilitazione della<br />
funzione 2-Cluster Calling.<br />
Se il plot contiene meno di tre cluster:<br />
a. Fare clic su Analysis Settings (Impostazioni di analisi).<br />
b. Fare clic su Edit Default SNP Assay Settings (Impostazioni modifica saggio<br />
SNP predefinito).<br />
c. Selezionare 2-Cluster Calling Enabled (2-Cluster Calling abilitata), quindi<br />
fare clic su Save Changes (Salva modifiche).<br />
d. Fare clic su Apply Analysis Settings (Applica impostazioni di analisi).<br />
e. Fare clic su Reanalyze (Rianalizza) per rianalizzare l'esperimento utilizzando<br />
la funzione 2-Cluster Calling.<br />
Nota: Le visualizzazioni dei risultati sono sincronizzate. Ad esempio, selezionando un<br />
pozzetto nel layout di piastra vengono selezionati i dati corrispondenti nella tabella<br />
pozzetti e nel Plot di discriminazione allelica.<br />
Per ulteriori<br />
informazioni<br />
Per ulteriori informazioni sul Plot di discriminazione allelica, accedere alla voce Help<br />
(Guida) del software StepOne facendo clic su o selezionando Help<br />
(Guida)StepOne Help (Guida StepOne).<br />
Note<br />
Guida introduttiva al sistema <strong>Applied</strong> <strong>Biosystems</strong> StepOne <strong>Real</strong>-<strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> <strong>System</strong> per gli esperimenti di<br />
genotipizzazione<br />
RISERVATO - Esclusivamente per uso interno AB. Non distribuire.<br />
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