Forschung und wissenschaftliches Rechnen - Beiträge zum - GWDG

Abb. 4: PyBioS’ Anwenderschnittstelle. Aus einer Sammlung von Modellen (A) kann der Nutzer
ein bestimmtes auswählen und über die „View“-Ansicht (B) dessen hierarchische Struktur
darstellen und Ergänzungen oder Änderungen vornehmen. Die „Network“-Ansicht (C) liefert
ein automatisch generiertes Verknüpfungsdiagramm des zellulären Reaktionsnetzwerks dessen
rechteckige Knoten biologische Objekte und dessen elliptische Knoten Reaktionen repräsentieren.
Die Farbe der Pfeile differenziert zwischen Massenfluß (schwarz) und ausschließlichem Informationsfluß
(andere Farben). Zum vereinfachten Navigieren sind sämtliche Knoten direkt mit
den entsprechenden Reaktions- bzw. Objektansichten verknüpft. Die „Reaktions“-Ansicht (D)
bietet eine Übersicht über sämtliche Einzelreaktionen. Die „Simulations“-Ansicht (E) ermöglicht
individuelle Simulationen und stellt die Zeitkurven der Konzentrationen bzw. Flüsse graphisch
dar. Die den Reaktionen zugeortneten Kinetiken können nutzerfreundlich dargestellt werden (F);
diese Routine verwendet LATEX zur automatischen Formatierung.
lichkeiten u.a. für SBML, wodurch PyBioS kompatibel zu anderen Systemen
ist.
3 Automatische Modellerstellung und Anwendungsbeispiele
PyBioS unterscheidet sich von anderen Systemen besonders dadurch, dass es
eine direkte Anbindung an verschiedene Datenbanken bietet. Dies ermöglicht
einerseits eine schnelle und automatisierte Erstellung verschiedenster biologischer
Modelle zellulärer Systeme. Andererseits besitzen die BioObjekte bzw.
Aktionen der so erstellten Modelle Referenzen auf die Datenbankeinträge,
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