Forschung und wissenschaftliches Rechnen - Beiträge zum - GWDG

des Gleichgewichtszustands: Entweder direkt durch Simulation oder über die
numerische Bestimmung der Nullstellen des ODE-Systems.
4 Zusammenfassung und Ausblick
Das in dieser Arbeit vorgestellte System PyBioS bietet viele Funktionalitäten
für die Erstellung, Simulation und Analyse komplexer biologischer Modelle.
Durch den objektorientierten, hierarchischen Ansatz können Modelle erstellt
werde, die sich an zytologischen und molekularen Strukturen orientieren.
Diese Funktionalität wird bisher von vielen anderen Progammen kaum
unterstützt. Zudem kann PyBioS als Repositorium für biologische Modelle
fungieren, da es über das World Wide Web zur Verfügung steht. Eine weitere
Besonderheit des Systems ist die direkte Anbindung biologischer Datenbanken,
wodurch eine Vielzahl an Modellen erstellt werden können, die aufgrund
der Datenbankreferenzen leichter wiederverwertbar und erweiterbar sind. Da
fast sämtliche Funktionalitäten, die die Web-basierte Benutzerschnittstelle
bietet, direkt über URL-Referenzen ansprechbar sind, können diese auch in
HTML-Dokumenten zur Dokumentation der Modelle verwendet werden. Die
Anwendungsmöglichkeiten für PyBioS reichen von Modellen für z.B. kleine
Signaltransduktionswege bis hin zu Zellsimulationen.
Neben den bisherigen Datenbankanbindungen zu KEGG, Reactome und
Transpath, ist auch eine Integration der SRS (Sequence Retrival System) Datenbank
der Firma Lion Biosystems (Cambridge, Großbritannien) in Entwicklung,
die ebenfalls, wie die Reactome-Anbindung, Teil des von der Europäischen
Union geförderten Projekts EMI-CD ist. SRS integriert mehrere Datenbanken
und schafft dadurch Quervernetzungen zwischen den Datenbanken.
Desweiteren findet die Weiterentwicklung und Nutzung von PyBioS in den
von der Europäischen Union geförderten Projekten EMBRACE und ESBIC-D
statt. Das EMBRACE Projekt ist ein Exzellenznetzwerk zur Vernetzung wichtiger
europäischer Datenbanken über einheitliche Schnittstellen. ESBIC-D
ist ein Koordinationsprojekt zur systematischen Untersuchung krebsrelevante
Signalwege.
PyBioS ist als Erfindungsmeldung bei der Garching Inovation GmbH
(Nr. GI 3000220) angemeldet und die Patentierung des Systems ist beim Europäischen
Patentamt (PCT Nr. PCT/EP2005/005357) eingereicht.
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