Sprawozdanie za 2012 rok - Portal Wiedzy PAN - Polska Akademia ...
Sprawozdanie za 2012 rok - Portal Wiedzy PAN - Polska Akademia ...
Sprawozdanie za 2012 rok - Portal Wiedzy PAN - Polska Akademia ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
miczne warunki suszenia”. Konsorcjum utworzone<br />
w celu reali<strong>za</strong>cji projektu „Opracowanie <strong>za</strong>awansowanej<br />
technologicznie konstrukcji prasy<br />
silosującej o wysokim stopniu innowacyjności”<br />
w ramach Programu INNOTECH dla ŚCIEŻKI<br />
PROGRAMOWEJ IN-TECH Narodowego Centrum<br />
Badań i Rozwoju.<br />
* 20-290 Lublin, ul. Doświadc<strong>za</strong>lna 4<br />
( (81) 744-50-61, fax (81) 744-50-67<br />
: e-mail: sekretariat@ipan.lublin.pl<br />
www.ipan.lublin.pl<br />
INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI<br />
<strong>PAN</strong><br />
Dyrektor: prof. dr hab. Piotr Zielenkiewicz<br />
Przewodniczący Rady Naukowej: czł. koresp.<br />
<strong>PAN</strong> Andrzej Jerzmanowski<br />
Instytut (kategoria „1” (A) w rankingu MNiSW)<br />
<strong>za</strong>trudnia 249 pracowników, w tym 130 naukowych<br />
(<strong>za</strong>trudnienie średnioroczne w przeliczeniu<br />
na pełne etaty).<br />
Działalność naukowa: opublikowano łącznie<br />
119 prac, z tego 93 prace w recenzowanych c<strong>za</strong>sopismach<br />
naukowych o <strong>za</strong>sięgu międzynarodowym;<br />
realizowano: 140 projektów badawczych,<br />
w tym 5 <strong>za</strong>granicznych, 59 <strong>za</strong>dań badawczych<br />
w ramach działalności statutowej; we współpracy<br />
z <strong>za</strong>granicą realizowano 50 tematów.<br />
Wybrane wyniki:<br />
• Mutacje w genie C16ORF57/Usb1 powodują<br />
r<strong>za</strong>dką chorobę genetyczną – poikilodermę z neutropenią.<br />
Wykorzystanie genetycznego przeszukania<br />
w połączeniu z badaniami funkcjonalnymi<br />
w komórkach drożdżowych i ludzkich oraz analizą<br />
bioinformatyczną pozwoliło grupom badawczym<br />
poznać funkcje genu Usb1. Usb1 koduje enzym<br />
odpowiedzialny <strong>za</strong> tworzenie cyklicznego fosforanu<br />
na 3’ końcu małego jądrowego RNA U6 (U6<br />
snRNA), które pełni kluczową katalityczną rolę<br />
w składaniu pre-mRNA. Uzyskane wyniki wyka<strong>za</strong>ły<br />
nieoczekiwane molekularne podstawy poikilodermy<br />
z neutropenią i pozwoliły na zrozumienie<br />
mechanizmu formowania 3’ końca U6 snRNA.<br />
• Zakończono mapowanie przy użyciu techniki<br />
ChIP-CHIP w całym genomie Arabidipsis thaliana<br />
pozycji wszystkich trzech wersji histonu<br />
H1. Anali<strong>za</strong> bioinformatyczna wyka<strong>za</strong>ła preferencyjną<br />
lokali<strong>za</strong>cję histonu H1 w obs<strong>za</strong>rach<br />
transkrybowanych. Jego lokali<strong>za</strong>cja na 5` końcu<br />
genów ujawniła <strong>za</strong>leżność od poziomu ekspresji<br />
genów. Specyficzny wzór lokali<strong>za</strong>cji na 3` końcu<br />
genów sugeruje niepoznaną dotychc<strong>za</strong>s rolę<br />
w terminacji transkrypcji. Nałożenie uzyskanych<br />
wyników z lokali<strong>za</strong>cji H1 w całym genomie na<br />
zmiany ekspresji <strong>za</strong>leżne od histonu H1 poka<strong>za</strong>ło<br />
rolę wariantów tego histonu w <strong>za</strong>leżnej od czynników<br />
zewnętrznych regulacji ekspresji genów.<br />
• Zakończono dwa projekty, których wspólną<br />
cechą jest <strong>za</strong>stosowanie pomiarów stopnia wymiany<br />
proton-deuter analizowanego z użyciem<br />
spektrometrii mas (MS-HDex) do uzyskania informacji<br />
o własnościach strukturalnych białek i ich<br />
kompleksów. Pierwszy z nich dotyczył receptora<br />
RAGE, którego aktywacja jest odpowiedzialna <strong>za</strong><br />
propagację pro<strong>za</strong>palnej aktywacji genów w wielu<br />
stanach patologicznych. Koniecznym etapem<br />
jego aktywacji jest oligomery<strong>za</strong>cja zewnątrzkomórkowej<br />
domeny receptora (exRAGE). Uzyskano<br />
kowalencyjnie ustabilizowany dimer exRAGE<br />
i poka<strong>za</strong>no, które elementy struktury tego białka<br />
ulegają stabili<strong>za</strong>cji podc<strong>za</strong>s tworzenia dimerów<br />
exRAGE. Na tej podstawie stworzono nowy model<br />
struktury oligomeru RAGE. Drugi z projektów<br />
dotyczył badania struktury heterodimerów<br />
cytokeratyn K8/K18, podstawowych składników<br />
filamentu pośredniego, np. w komórkach śródbłonka.<br />
Te silnie agregujące elementy cytoszkieletu<br />
nie poddają się klasycznej analizie strukturalnej.<br />
Istnieją jedynie struktury krystalograficzne<br />
ich fragmentów. Zastosowanie MS-HDex umożliwiło<br />
zmapowanie obs<strong>za</strong>rów labilności strukturalnej<br />
w natywnych formach heterodimerów K8/<br />
K18. Pozwoliło to zintegrować cząstkową wiedzę<br />
strukturalną, wska<strong>za</strong>ć obs<strong>za</strong>ry odpowiedzialne <strong>za</strong><br />
stabili<strong>za</strong>cję struktur heterodimerycznych i umiejscowić<br />
obs<strong>za</strong>ry ważnej funkcjonalnie elastyczności<br />
strukturalnej w środkowych regionach domen<br />
„coiled-coil”. Zakończenie tych dwu projektów<br />
poka<strong>za</strong>ło przydatność MS-HDex do badań strukturalnych<br />
białek w układach, w których klasyczne<br />
podejście nie daje się <strong>za</strong>stosować lub <strong>za</strong>wodzi.<br />
– 67 –
Change language