2003/2004 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2003/04
Uppsala tekniska högskola
Civilingenjörsprogrammen
Kursplaner
Bioinformatik, 5 poäng
Bioinformatics
1TS200
Kursplanen är fastställd 2003-05-22 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämnden
Kursens placering i utbildningsprogram
Kursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i system i teknik och samhälle
Studieperiod: Kursen ges i Period 3
Mål för utbildningen
Med tillämpning av matematiska, statistiska och datorvetenskapliga arbetsmetoder skall
kursen ge kunskaper om bioinformatik och dess relation till de molekylära och evolutionära
processer som formar de biologiska sekvenserna (protein och DNA). Med modeller av dessa
processer som grund skall kursen ge förståelse för och färdighet i att använda datorbaserade
algoritmer för analys av sekvenser och kompletta genom.
Kursens innehåll
Historik över utvecklingen av metoder och tekniker inom bioinformatik och molekylärbiologi.
Internationella databaser och lagring av biologisk information. Metoder att extrahera
information från databaser. Det humana genomets organisation. Bioinformatikens roll i den
farmaceutiska industrin och i samhället. Etiska problemställningar angående tillgänglighet av
biologiska data. Under kursens första del presenteras teori och grundläggande begrepp inom
bioinformatik. Datorprogram för analys av gener, proteiner och hela genom introduceras
löpande under kursens gång. Biologiska tillämpningar illustreras med realistiska exempel från
pågående forskning. Kursorganisationen liknar ett litet genomprojekt där obehandlad data
successivt detaljanalyseras med bioinformatiska verktyg. Under kursen behandlas etiska
frågeställningar om sekvensinformation från genom.
Särskild behörighet Cell- och molekylärbiologi. Numerisk analys I. Matematisk statistik.
Undervisningsform Föreläsningar, seminarier och datorövningar.
Examinationsform Skriftligt prov vid kursens slut. För att kursen skall bedömas med betyget
godkänd (3, 4 eller 5) krävs att litteraturuppgifter och datorövningar bedömts godkända.
Betyg Något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) eller med
beröm godkänd (5)
Kurslitteratur Baxevanis, A.D. & Oulette, B.F.F. Bioinformatics. A Practical Guide to the
Analysis of Genes and Proteins. John Wiley & Sons, Inc. 1998.
Web-baserat instuderingsmaterial som beskriver bakgrunden till de biologiska problem som
studenten skall lösa samt algoritmerna bakom de datorprogram som skall användas. Till
materialet hör enkla guider som steg för steg hjälper studenten att navigera sig igenom
datorprogrammen.
Nivå: Kursen ges på D-nivå
Ämne: Kursen ges inom huvudämnet Biologi och inom huvudämnet Teknik
Kursansvarig institution Institutionen för biologisk grundutbildning
126