2003/2004 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2003/04
Uppsala tekniska högskola
Civilingenjörsprogrammen
Kursplaner
Bioinformatisk metodik, 6 poäng
Methods in Bioinformatics
1MB542
Kursplanen är fastställd 2003-05-26 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämnden
Kursens placering i utbildningsprogram
Kursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i bioinformatik
Studieperiod: Kursen ges i Period 34
Mål för utbildningen
Bioinformatik representerar framtidens bioteknik. Målet med kursen är att ge kunskap om
bioinformatisk metodologi och förmåga att relatera informationen i de stora globala
databaserna med biologiska system för att förstå livets processer. Kursen skall ge färdigheter i
att använda algoritmer och programvaror för studier av komplexa, biologiska data.
Kursens innehåll
Databaser, design och sökverktyg. Datorprogram för analyser av DNA-sekvenser och
kompletta genom. Jämförelser av annoteringssystem och genprediktionsprogram. Statistiska
analyser av sekvenslikheter. Fylogenetiska rekonstruktioner. Funktionell bioinformatik med
fokus på algoritmer för studier av funktionen hos biomolekyler. Microarray design, statistiska
analyser och progamvaror för visualisering av data från genexpressionsanalyser. Introduktion
till proteomik och mass spektrometri. Progamvaror för studier av protein-protein interaktioner
och proteinstrukturer. Metaboliska databaser och nätverk. Systembiologi. Planering,
genomförande, utvärdering samt muntlig och skriftlig redovisning av projektarbeten inom
bioinformatik.
Särskild behörighet Grundläggande bioteknik och bioinformatik. Grundläggande biologi.
Cellbiologi. Matematisk statistik.
Undervisningsform Föreläsningar, seminarier och datorövningar.
Examinationsform Skriftligt prov vid kursens slut. För att kursen skall bedömas med betyget
godkänd (3, 4 eller 5) krävs att litteraturuppgifter och datorövningar bedömts godkända.
Betyg Något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) eller med
beröm godkänd (5)
Kurslitteratur Preliminärt:
Baxevanis, A.D. & Oulette, B.F.F. Bioinformatics. A Practical Guide to the Analysis of
Genes and Proteins. John Wiley & Sons, Inc. 1998.
Web-baserat instuderingsmaterial.
Kompendier och stencilerat material.
Rekommenderad litteratur: Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A. & Mitchinson, G.. Biological
Sequence Analysis. Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge Univ.
Press. 1998
Nivå: Kursen ges på C-nivå
Ämne: Kursen ges inom huvudämnet Biologi, Kemi och Teknik
Kursansvarig institution Institutionen för biologisk grundutbildning
127