Dissertation - HQ

212 Remerciements
tri des larves de poisson et l’analyse de données ichthyoplanctoniques,
lors de son stage de master. La note qui a récompensé ce stage est méritée
par l’intelligence de ta discussion, pourtant écrite très rapidement après
un stage chargé en travail de paillasse. J’espère que mon Stakhanovisme
(selon tes propres termes) t’aura influencé sans t’aliéner.
Enfin, l’analyse des données de Tetiaroa à été facilitée par l’aide de
Joachim Claudet, Erwan Roussel et Marion Jarraya dans l’application
de diverses techniques statistiques. Merci de m’avoir initié au monde
merveilleux des MRT, GLM et autres ACP. Vos approches différentes et
complémentaires m’ont permis d’acquérir une vision globale et solide
de ces données.
L’utilisation de modèles océanographiques est le fruit de collaborations
avec Patrick Marsaleix du laboratoire d’aérologie de Toulouse,
pour le modèle Symphonie, et de Zulema Garaffo, Changming “Charles”
Dong et surtout Laurent Chérubin, de l’Université de Miami
(RSMAS) et de l’UCLA, pour MICOM puis ROMS. L’adaptation de ces
modèles à mon cas d’étude s’est révélée plus ardue que prévue et je
remercie en particulier Laurent de ne pas s’être découragé même après
deux ans d’échanges transatlantiques qui se sont finalement soldés par
un échec et l’abandon de MICOM. Ils m’auront au moins permis de
me familiariser, à ton contact, avec le vocabulaire et les techniques de
l’océanographie physique. J’espère que le modèle actuel et son utilisation
récompenseront tes efforts. Merci aussi pour ton aide sur ce
manuscrit et pour ta bonne humeur.
Le cadre de modélisation par contrôle optimal a été élaboré pour
cette étude par Michel de Lara que je remercie encore une fois ici.
Les premiers modèles (1D et version initiale de la version 3D) ont
été conçus et codés par Anselme LeVan avec l’aide de Jean-Philippe
Chancellier en Scilab. Je remercie également Jean-Philippe Chancellier
d’avoir poursuivi son aide à mes côtés pour mes premières versions en
Scilab.
Les ordinateurs et les méthodes informatiques ont, à l’heure actuelle,
une place centrale dans la recherche scientifique. Au grand désespoir
de certains et certaines, qui se reconnaîtront, ceci est particulièrement
vrai pour moi, qui ai tendance à passer beaucoup (trop ?) de temps
face à mon écran. Qui plus est, en sciences, où la reproductibilité des
résultats devrait être une condition obligatoire à la publication et où
la collaboration entre chercheurs est la meilleure voie d’innovation, je
pense que les logiciels libres devraient être utilisés en priorité, car ils
facilitent ces deux aspects. C’est à ce principe que j’ai adhéré durant ma
thèse et je tiens à remercier ici les équipes qui, dans leur temps libre
et bénévolement, développent les logiciels qui m’ont permis de mener
à bien ma recherche scientifique : MPlayer et ImageJ pour l’analyse
d’images, Scilab et R pour les simulations et l’analyse de données, Subversion
et git pour la gestion du code informatique de mes programmes,
différentes moutures du système GNU/Linux qui ont fait tourner les