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212 Remerciements tri des larves de poisson et l’analyse de données ichthyoplanctoniques, lors de son stage de master. La note qui a récompensé ce stage est méritée par l’intelligence de ta discussion, pourtant écrite très rapidement après un stage chargé en travail de paillasse. J’espère que mon Stakhanovisme (selon tes propres termes) t’aura influencé sans t’aliéner. Enfin, l’analyse des données de Tetiaroa à été facilitée par l’aide de Joachim Claudet, Erwan Roussel et Marion Jarraya dans l’application de diverses techniques statistiques. Merci de m’avoir initié au monde merveilleux des MRT, GLM et autres ACP. Vos approches différentes et complémentaires m’ont permis d’acquérir une vision globale et solide de ces données. L’utilisation de modèles océanographiques est le fruit de collaborations avec Patrick Marsaleix du laboratoire d’aérologie de Toulouse, pour le modèle Symphonie, et de Zulema Garaffo, Changming “Charles” Dong et surtout Laurent Chérubin, de l’Université de Miami (RSMAS) et de l’UCLA, pour MICOM puis ROMS. L’adaptation de ces modèles à mon cas d’étude s’est révélée plus ardue que prévue et je remercie en particulier Laurent de ne pas s’être découragé même après deux ans d’échanges transatlantiques qui se sont finalement soldés par un échec et l’abandon de MICOM. Ils m’auront au moins permis de me familiariser, à ton contact, avec le vocabulaire et les techniques de l’océanographie physique. J’espère que le modèle actuel et son utilisation récompenseront tes efforts. Merci aussi pour ton aide sur ce manuscrit et pour ta bonne humeur. Le cadre de modélisation par contrôle optimal a été élaboré pour cette étude par Michel de Lara que je remercie encore une fois ici. Les premiers modèles (1D et version initiale de la version 3D) ont été conçus et codés par Anselme LeVan avec l’aide de Jean-Philippe Chancellier en Scilab. Je remercie également Jean-Philippe Chancellier d’avoir poursuivi son aide à mes côtés pour mes premières versions en Scilab. Les ordinateurs et les méthodes informatiques ont, à l’heure actuelle, une place centrale dans la recherche scientifique. Au grand désespoir de certains et certaines, qui se reconnaîtront, ceci est particulièrement vrai pour moi, qui ai tendance à passer beaucoup (trop ?) de temps face à mon écran. Qui plus est, en sciences, où la reproductibilité des résultats devrait être une condition obligatoire à la publication et où la collaboration entre chercheurs est la meilleure voie d’innovation, je pense que les logiciels libres devraient être utilisés en priorité, car ils facilitent ces deux aspects. C’est à ce principe que j’ai adhéré durant ma thèse et je tiens à remercier ici les équipes qui, dans leur temps libre et bénévolement, développent les logiciels qui m’ont permis de mener à bien ma recherche scientifique : MPlayer et ImageJ pour l’analyse d’images, Scilab et R pour les simulations et l’analyse de données, Subversion et git pour la gestion du code informatique de mes programmes, différentes moutures du système GNU/Linux qui ont fait tourner les
213 serveurs de calcul, L A TEX et BibDesk pour l’écriture d’articles, de ce manuscrit et la recherche bibliographique, et Inkscape pour l’édition des figures. Au delà des logiciels, les discussions sur les listes de diffusion de ImageJ, MPlayer et R, ainsi que sur les newsgroups comp.text.tex et comp.lang.fortran m’ont fait progresser rapidement au niveau technique mais aussi scientifique. Un merci particulier à l’équipe d’Inkscape qui m’a très amicalement intégré en tant que développeur de la version Mac OS X de ce fabuleux logiciel. Merci également à Hadley Wickham, le développeur de ggplot et reshape (deux modules de R qui m’ont immensément facilité la vie) d’avoir toujours rapidement répondu à mes questions et intégré certaines de mes suggestions à ggplot. Computers and informatics now play a central role in scientific research, and particularly for me, given the time I spend in front of a computer screen. In this field, I think that open source software should be preferred over other alternatives, because it eases reproducibility of results, which should be mandatory for the publication of scientific work, and facilitates collaborative work, from which most innovative research springs. I adhered to this principle during my PhD work and thank here the people who, in their spare time and voluntarily, develop the software which allowed me to pursue my scientific endeavours: MPlayer and ImageJ for image analysis, Scilab and R for simulations and data analysis, Subversion and git for the management of my source code, various versions of the GNU/Linux operating system which powered the computation servers, L A TEX and BibDesk for the edition of papers, this manuscript and for bibliographic research, and Inkscape for the edition of figures. Besides software, the mailing lists for MPlayer, ImageJ and R and the newsgroups comp.text.tex and comp.lang.fortran also helped me to progress in my research, both technically and scientifically. Special thanks go to Inkscape’s team who cordialy accepted me as a new developer for the OS X port of this wonderful software. I also thank Hadley Wickham, the developer of ggplot and reshape (two R packages which facilitated my work tremendously) for promptly aswering my numerous questions and integrating some of my suggestions into ggplot. Enfin, sans avoir participé directement à la recherche scientifique qui est la base de cette thèse, de nombreuses personnes ont aidé à son accomplissement. Je tiens à remercier Régis Ferrière et Marc-André Selosse de m’avoir proposé des enseignements à l’ENS et en préparation à l’agrégation à l’Université de Montpellier, qui m’ont permis de m’intéresser de façon didactique à des sujets souvent proches de mon travail de recherche. Merci également à MAS de m’avoir soutenu lors de petits épisodes de découragement. Merci enfin à Olivier Verneau de m’avoir affecté aux enseignements de licence pluridisciplinaire à Perpignan, plutôt qu’aux habituels TPs et TDs, et aux étudiants des trois promotions de cette licence que j’ai suivis. Ces enseignements m’ont permis de rester en contact avec la réalité des connaissances biologiques d’étudiants non-spécialistes.
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À mon étoile.
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vi Résumé La plupart des organism
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viii Abstract Most demersal marine
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x Table des matières 1.3.3 Simple
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xiv Liste des figures 4.6 Distribut
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2 Introduction La survie des larves
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4 Introduction Limitation par le re
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6 Introduction Les courants déterm
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A general modelling framework for l
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