Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier ... - CIAM

II. Annexe 2 : Programme R pour tester des hypothèses d’indépendance
par permutation
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# Fonction de calcul des classes de distances entre cas dans toutes les directions. #
# #
# Pour chaque classe de distance, on représente un intervalle de confiance sous H0 #
# et éventuellement un code pour la P-value. #
# A est le tableau fourni par l’utilisateur contenant les informations nécessaires #
# sur chaque arbre. #
# Les paramètres d'entrée de la fonction sont les colonnes de A où se trouvent les #
# coordonnées X et Y, ainsi que la condition qui désigne les cas. Il y a aussi les #
# distances inter- et intra-rang ainsi qu'un booléen indiquant si on souhaite ramener #
# les distances réelles à des distances en nombre d'arbres. #
# Le paramètre "trq" représente la proportion de la diagonale au-delà de laquelle #
# on souhaite arrêter la représentation des classes de distance. #
# Dans tout le programme, les arbres manquants doivent avoir pour valeur -1. #
# Quand il existe des sous-groupes, les permutations sont réalisées indépendamment #
# dans chaque sous-groupe, mais les distances sont calculées globalement. #
# Lors d'une analyse, on doit choisir entre des statistiques de test calculées dans #
# toutes les directions [do1D=c(F,F)], dans le sens du rang [do1D=c(T,F)], dans le #
# sens de l'inter-rang [do1D=c(F,T)]. Plusieurs statistiques de distance peuvent être #
# choisies simultanément : EP, distribution des d entre points ; EPcum, idem cumulé #
# PPV, distribution des d au plus proche voisin ; Bd, d aux bords ; Var, variogramme. #
# Pour tracer un variogramme à partir de variables continues, attribuer n'importe #
# quelle valeur à valCas et utiliser conti=T. #
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GenDClass