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L’ESFY (European stone fruit yellows) est une maladie ré-émergente touchant les arbres
fruitiers à noyau (Prunus) en Europe. La démarche mise en œuvre pour l’étudier, présentée
dans ce mémoire, a plus généralement vocation à être utilisée dans l’étude de maladies
émergentes et ré-émergentes, notamment dans une phase initiale d’exploration du
fonctionnement épidémique. Cette démarche est donc davantage orientée vers l’étude des
maladies dont l’épidémiologie est mal comprise que vers l’étude des maladies émergentes en
un lieu mais déjà bien connues.
I. Enjeux des maladies émergentes ou ré-émergentes
A. Définition et causes des (ré-)émergences
En prenant pour base une série de définitions plus ou moins spécifiques aux agents
pathogènes de l’homme (Morse & Schluederberg, 1990 ; Morse, 1995 ; Institute of Medicine,
1992 ; Taylor et al., 2001 ; Woolhouse et al., 2005), on peut définir de façon générale une
maladie émergente ou ré-émergente comme une maladie dont l’incidence réelle 1 dans une
population donnée augmente pour la première fois ou à la suite d’une modification durable de
son épidémiologie * . Notons que cette définition exclut les cas sporadiques et les maladies
saisonnières, ainsi que les “pseudo émergences” dues uniquement à une meilleure mesure de
l’incidence réelle voire à un sursaut d’activité médiatique ou scientifique à l’égard d’une
maladie donnée. Notons également que cette définition est relative car elle dépend de la
population considérée : une maladie peut être émergente en un lieu et endémique ailleurs, par
exemple. On trouvera de nombreux exemples de maladies émergentes végétales, animales et
humaines dans Moffat (2001), Woolhouse (2002), Anderson et al. (2004), Morens et al.
(2004) et Woolhouse et al. (2005), ainsi que dans la base de données ProMED 2 . Dans le cas
des maladies infectieuses, une émergence peut être provoquée par :
(i) la modification de l’environnement de la relation hôte-(vecteur-)pathogène, y compris
par un changement dans les mesures sanitaires ;
(ii) l’augmentation des contacts – directs ou indirects – existants entre un pathogène et
son hôte, ou l’établissement d’un nouveau contact, par exemple par l’introduction
d’un hôte sensible, par la migration d’un pathogène hors de son aire de répartition
habituelle, ou par son introduction volontaire (bioterrorisme, lutte biologique) ou
involontaire (échanges commerciaux) ;
(iii) l’augmentation de la sensibilité de l’hôte, par exemple suite à une immunosuppression
ou à l’absence de sélection pour la résistance ;
(iv) un changement dans le génotype d’un agent pathogène préexistant, par mutation,
recombinaison ou transfert horizontal de gènes.
L’examen des causes possibles d’émergence révèle que si la dernière possibilité
envisagée est probablement stable dans le temps, le contexte actuel est plus propice que
jamais aux deux premiers mécanismes d’émergence (Morse, 1995 ; Woolhouse, 2002 ;
Anderson et al., 2004), principalement par l’action conjointe de l’augmentation des échanges
internationaux, du réchauffement climatique et de l’action de l’homme sur les milieux. Ainsi,
le trafic aérien (Figure 1A) a été multiplié par 3 entre 1975 et 1995 (Penner et al., 1999) et les
échanges internationaux, par exemple de fruits et légumes (Figure 1B), ont plus que quintuplé
ces 40 dernières années (FAOSTAT 3 , 2005). Outre l’hypothèse d’une attaque bioterroriste,
1 Par opposition à l’incidence mesurée, qui peut être différente de l’incidence réelle pour de multiples raisons.
Dans ce mémoire, conformément à Ahrens & Pigeot (2005), l’incidence est définie pour une maladie donnée
comme la proportion de la population saine qui développe cette maladie par unité de temps, contrairement à la
prévalence qui désigne la proportion de la population qui est malade à une date donnée.
2 Program for Monitoring Emerging Diseases : http://www.fas.org/promed/
3 Food and Agriculture Organization of the United Nations : http://faostat.fao.org/
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