Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier ... - CIAM

C. Conclusions sur l’étude des vecteurs de l’ESFY en conditions naturelles ......................... 70
IV. Article IV : “The Spread of European Stone Fruit Yellows is Regulated by the Life
Cycle of its Vector and by the Growth Rate of the Hosted Phytoplasma, as Assessed by
Real-Time PCR”........................................................................................................................ 70
V. Bilan sur le fonctionnement de la vection.......................................................................... 83
PARTIE III : TESTER DES HYPOTHESES SUR LE DEVELOPPEMENT DE
L’ESFY EN VERGER................................................................................................................ 85
I. Traduction des hypothèses biologiques en hypothèses d’indépendance.......................... 86
II. Analyse exploratoire des motifs spatiaux et temporels.................................................... 88
A. Un programme générique pour tester des hypothèses d’indépendance.............................. 88
B. Article V : “Spatio-Temporal Analysis of Disease Spread Provides Insights into the
Epidemiology of European Stone Fruit Yellows”................................................................... 89
C. Bilan.................................................................................................................................... 96
III. Article VI : “Investigating Disease Spread Between Two Dates with Permutation
Tests on a Lattice”..................................................................................................................... 96
IV. Application à l’analyse de cartes pluriannuelles de l’ESFY en verger ....................... 115
A. Présentation des vergers étudiés ....................................................................................... 115
B. Résultats et interprétations................................................................................................ 116
1) Analyse de la répartition de l’ensemble des arbres symptomatiques ..........................................116
2) Analyse des dépendances spatiales interannuelles......................................................................118
V. Bilan sur les apports des tests d’hypothèses.................................................................... 120
PARTIE IV : SYNTHETISER L’INFORMATION DANS UN MODELE DE
SIMULATION DES EPIDEMIES D’ESFY........................................................................... 123
I. Hypothèses du modèle ........................................................................................................ 124
II. Description du modèle ...................................................................................................... 125
III. Perspectives ...................................................................................................................... 126
CONCLUSION.......................................................................................................................... 127
I. Conclusions sur l’épidémiologie de l’ESFY...................................................................... 128
A. Conséquences des résultats obtenus pour la gestion de la maladie .................................. 128
1) Apports sur l’effet de la génétique des arbres .............................................................................129
2) Apports sur les transmissions primaires multiples ......................................................................129
3) Apports sur les transmissions inter-annuelles .............................................................................129
B. Perspectives....................................................................................................................... 131
II. Conclusions sur la démarche retenue.............................................................................. 133
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES................................................................................ 137
ANNEXES.................................................................................................................................. 147
I. Annexe 1 : Programme R pour estimer une proportion à partir de tests groupés....... 148
II. Annexe 2 : Programme R pour tester des hypothèses d’indépendance par
permutation............................................................................................................................. 150
III. Annexe 3 : Programme R pour simuler le développement spatio-temporel de
l’ESFY dans un verger d’abricotier ..................................................................................... 153
IV. Annexe 4 : “Testing Boolean Assumption in the Non Convex Case When a Bounded
Grain can be Assumed”........................................................................................................... 155
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