Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier ... - CIAM

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Remerciements Je tiens à remercier Jean-Loup Nottéghem et Rachid Senoussi de m’avoir chaleureusement accueilli au sein des Unités BGPI (Montpellier) et Biométrie (Avignon). Un très grand merci également à Joël C. 1 et Gérard Labonne pour leur jovialité quotidienne, pour leur disponibilité et pour avoir su me guider sans me brider. Je souhaite aussi remercier du fond du cœur tous les membres des deux équipes que j’ai eu plaisir à côtoyer pendant ces trois années. En particulier, je suis infiniment reconnaissant à celles et ceux qui se sont dévoués pour me transporter régulièrement entre la gare et le centre INRA de Montfavet. Un grand merci, donc, à Emilie, Sabrina, Nathalie et Pascal, qui ont souvent été de corvée. J’en profite pour remercier la SNCF pour les longues (voire très longues, parfois) heures de lecture qu’elle m’a aménagées. Enfin, mes plus tendres remerciements à Caroline pour sa relecture patiente de ce manuscrit et surtout pour son soutien pendant ces 3 années... et pour avoir su, ces derniers temps, me partager avec un ordinateur sans trop s’en offusquer. Par contre, je ne remercie pas Chronos qui a été très glouton récemment. 1 Joël Chadœuf ayant pour principe de ne pas accepter les remerciements, son nom a été soigneusement dissimulé ici. - 2 -
Glossaire A leur première occurrence, les mots définis dans ce glossaire figurent dans le texte en caractères gras et sont suivis d’un astérisque. La définition de certains termes variant selon les auteurs, aucune source n’est citée pour les définitions fournies : les définitions données ici précisent le sens qui a été retenu dans ce mémoire. Epidémiologie : Etude des facteurs de risque d’une maladie dans une population ; par extension, ces facteurs eux-mêmes et leurs conséquences sur la répartition des cas de maladie dans l’espace et/ou dans le temps. Etiologie : Etude des causes d’une maladie dans un individu ; par extension, ces causes ellesmêmes. Monocyclique/Polycyclique : Dans une épidémie monocyclique, les infections présentes dans une parcelle ne constituent pas une source d’inoculum interne ; l’évolution de l’incidence n’est donc liée qu’à une succession de transmissions primaires. A l’inverse, dans une épidémie polycyclique, les infections présentes dans une parcelle sont à leur tour des sources d’inoculum pour la parcelle ; l’évolution de l’incidence est alors liée à la fois aux transmissions primaires et aux transmissions secondaires. (Nested-) PCR (Polymerase Chain Reaction) : La réaction de PCR consiste à réaliser in vitro la duplication cyclique d’un fragment d’ADN à l’aide d’une enzyme ; la présence du fragment amplifié peut ensuite être facilement détectée. Dans le cas d’une nested-PCR (ou PCR nichée), cette première amplification est suivie d’une seconde étape destinée à amplifier un second fragment inclus dans le premier, ce qui augmente considérablement la sensibilité (et parfois la spécificité) de la méthode. Plante pérenne ou vivace : Végétal à durée de vie indéfinie (vivant 3 ans et plus, par opposition aux plantes annuelles ou bisannuelles). Polycyclique : cf. Monocyclique. Transmission primaire/secondaire : Les transmissions secondaires impliquent un pathogène issu de l’intérieur d’une population cible, souvent définie implicitement ; on observe alors des infections secondaires dues à un inoculum secondaire (ou endo-inoculum). Par opposition, les transmissions primaires (et les infections primaires résultantes) impliquent un pathogène issu de l’extérieur de la population cible (inoculum primaire ou exoinoculum). Univoltin, ine : Qualifie le cycle biologique d’un insecte ayant une seule génération par an. - 3 -
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Il y a cependant deux réserves à
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V. Bilan sur le fonctionnement de l
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MATERIALS AND METHODS Characteristi
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30. Chabrolin C. (1924) Quelques ma
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138. Morvan G. (1977) Apricot chlor
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III. Annexe 3 : Programme R pour si
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