Dissertação Carlos Lucena de Aguiar - Centro de Pesquisas Aggeu ...

encontrar esses aminoácidos nas regiões do antígeno da febre amarela. Para isso era
necessário fazer um alinhamento das seqüências, que é um procedimento de bioinformática e
uma busca no banco de dados de uma biblioteca de predição de seqüências protéicas, o SPI,
quando era checado se as seqüências do banco estavam iguais às seqüências do antígeno. Com
isso, estas passavam a ter uma grande chance de serem as seqüências corretas para realizar o
tráfego apropriado do antígeno (informação verbal). 134
No entanto, depois disso, ainda era necessário fazer um refinamento da busca e encontrar a
mínima região possível para o antígeno, sem que prejudicasse o seu tráfego. Isso ocorreria por
meio da retirada de parte daquelas seqüências das regiões de início, fim e de fusão com
LAMP (informação verbal). 135
“Porque quanto maior a proteína, maior o gasto energético para expressá-la. Por exemplo,
você produziu uma proteína do tamanho X e produziu outra do tamanho 10X; enquanto você
faz 10 proteínas do tamanho X, você está fazendo uma de 10X” (informação verbal). 136
“Aí você tem que recorrer à literatura, [...] os trabalhos que fizeram sobre outros vírus, [...] e
começa a buscar quais são os sinais de transporte, até achar o mínimo sinal possível, [...] o
mínimo domínio possível” (informação verbal). 137
Durante todo esse processo, o biólogo molecular fazia algumas construções específicas, e as
mostrava para o pesquisador médico, que as avaliava. Conversavam sobre como estava sendo
feita cada etapa, cada detalhe de onde começava a seqüência, onde ela terminava, onde cada
ponto deveria se ligar a LAMP. Discutiam, raciocinavam e planejavam.
Neste momento todos os elementos da preparação do palco necessários à concepção da
solução estavam presentes. Por outro lado, mesmo de posse da experiência prévia relacionada,
dos softwares de bioinformática e da literatura relevante, a cada passo do processo de
identificação daqueles locais onde a seqüência deveria ser “cortada”, escolhas eram feitas
pelos pesquisadores sem que se tivesse uma certeza plena em relação a elas.
134 Entrevista com o biólogo molecular.
135 Entrevista com o biólogo molecular.
136 Entrevista com o biólogo molecular.
137 Entrevista com o biólogo molecular.
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