Untitled - Biotecnologia

manchas espúrias (background)ede
variações do processo de hibridação.
Desta forma, após a normalização, torna-se
possível a comparação de spots
de uma mesma lâmina ou de experimentos
diferentes. Em uma etapa posterior,
programas de clustering procuram
identificar e agrupar os spots super-expressos,
reprimidos ou que não
tem expressão alterada nos tecidos ou
células analisadas. Apesar dos métodos
de análise empregados, a falta de reprodutibilidade
dos resultados ainda é
uma queixa bastante comum. O uso de
maior número de réplicas de cada spot
e/ou a busca de métodos de inferência
estatística mais adequados parecem
ser úteis para a validação destes resultados.
Mais recentemente, com novas técnicas
para isolamento de mRNA de
procariotos, projetos de ESTs e de
microarray também têm sido desenvolvidos
para estes organismos. Vários
grupos de pesquisa em todo o Brasil
estão iniciando projetos nesta área.
Apenas como exemplo, entre os vários
projetos brasileiros nesta área temos
o projeto Cooperation for Analysis of
Gene Expression (CAGE) (http://
bioinfo.iq.usp.br/ehttp://www.vision.
ime.usp.br/~cage/) e o Projeto Genoma
Raízes da Embrapa Soja (http://
www.cnpab.embrapa.br/pesquisas/
gp.html).
Projetos Proteoma
Um problema que surge com a
abordagem descrita acima, de avaliação
da expressão gênica a partir da
análise dos mRNAs transcritos, é que
nemsempreaquantidadedeummRNA
reflete a quantidade da proteína correspondente
expressa na célula e, assim,
não podemos relacionar diretamente
essa proteína a uma função nas
células. Por isto, uma outra abordagem,
embora muito mais trabalhosa, tem
sido usada para avaliar a expressão
gênica: a análise das proteínas expressas.
Esta “contrapartida protéica” do
genoma é conhecida como proteoma.
Por permitir relacionar diretamente a
uma proteína determinada função, esta
abordagem constitui um instrumento
particularmente poderoso para elucidar
os mecanismos celulares relaciona-
BOX7 – Exemplos de Projetos Transcriptoma:
Procuram avaliar quais são os genes expressos, e quanto deles é expresso,
a partir do seqüenciamento parcial dos mRNAs transcritos.
Dados obtidos pela técnica de SAGE podem ser consultados na página http:/
/www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/. Já no banco dbEST estão depositadas ESTs
de diversos Projetos Transcriptoma desenvolvidos em todo o mundo (http:/
/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/).
Mais informações sobre DNA Chips e Microarrays
Nestas técnicas, a verificação da expressão de genes específicos é feita em
experimentos de hibridação em lâminas de vidro contendo milhares de
fragmentos de DNA.
Na página http://cmgm.stanford.edu/pbrown/, do pioneiro da técnica de
microarray, Dr. Patrick Brown, há mais explicações, um forum de discussão
e bancos de dados de microarrays. Na página http://ihome.cuhk.edu.hk/
~b400559/array.html há informações sobre os equipamentes necessários,
uma tabela de comparação dos programas de análise mais usados, noções de
estatística aplicadas a microarrays, sugestões de bibliografia, etc.
Programa gratuíto para análise de microarrays
ScanAlyse: escrito por Michael Eisen, o programa pode ser obtido gratuitamente
na página http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm. Assinando um termo
de compromisso, o autor permite, inclusive, o acesso ao código-fonte.
dos ao desenvolvimento de doenças,
ao mecanismo de funcionamento de
compostos químicos (por exemplo,
fármacos) e identificar novos alvos
terapeuticos.
As bases experimentais da proteômica
não são novas e pertencem ao
arsenal “clássico” da bioquímica, mas
houve, nos últimos anos, um salto
qualitativo e quantitativo sem precedentes.
Esse salto foi resultado de grandes
investimentos privados na busca
de abordagens mais agressivas e rápidas
no isolamento, identificação e caracterização
de proteínas, no mesmo
estilo “industrial” que caracterizou a
era genômica. O isolamento de proteínas
em grande número, inicialmente
repousava nas técnicas eletroforéticas,
como a eletroforese mono e bi-dimensional
em géis de poliacrilamida. Embora
tais técnicas certamente sempre
venham a ter um papel importante em
qualquer laboratório de proteômica,
nota-se hoje uma tendência cada vez
maior no uso da cromatografia líquida
de alta eficiência, com o uso de colunas
capilares, no desempenho desta tarefa.
A identificação e caracterização das
proteínas depende de um conjunto de
tecnologias (com certeza as que mais
sofreram incremento no desempenho)
envolvendo a espectrometria de massa,
a ressonância magnética nuclear,
além de recursos computacionais para
a armazenagem, análise e compartilhamento
dos diversos tipos de dados
gerados por estas tecnologias (imagens
de géis bidimensionais, sequências protéicas,
estruturas protéicas, espectros
de massa, etc.).
Nos últimos anos a espectrometria
de massa, em conjunto com a cromatografia
líquida de alta performance, vem
se tornando a abordagem preferida
para identificar e caracterizar proteínas,
devido essencialmente a três motivos.
O primeiro é o desenvolvimento de
novos métodos para ionização de proteínas
e peptídeos, especialmente o
MALDI eoESI(Matrix-Assisted Laser
Dessorption-Ionization e ElectroSpray
Ionization). O segundo é o desenvolvimento
de recursos da bioinformática,
permitindo a análise de dados obtidos
por espectrometria de massas em bancos
genômicos e de sequências protéicas.
E o terceiro é que a espectrometria
de massas fornece informação detalhada
de modificações pós-traducionais,
em particular as fosforilações e glicosilações.
Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento - nº 29 21