Elevage Biologique - Itab

Le recueil de l’état civil repose le plus souvent sur les déclarations des éleveurs. Il
s’accompagne de protocoles de vérification à l’aide des marqueurs moléculaires, au titre de
sondage chez les bovins et obligatoires dans plusieurs cas, comme les futurs reproducteurs
d’insémination artificielle, les jeunes chevaux de certaines races, etc.
Le contrôle des performances s’effectue soit en ferme (contrôle laitier, contrôle de
croissance, …) soit dans des stations où des animaux contemporains sont rassemblés. Afin
de minimiser les inévitables erreurs de mesure, les protocoles doivent être très précis et
appliqués de la même façon à l’ensemble des animaux.
Les marqueurs moléculaires sont des sites polymorphes sur l’ADN, en général sans fonction
biologique connue, et il en existe plusieurs types. Chez les animaux, on a longtemps utilisé
les microsatellites : on peut couramment en observer des dizaines ou des centaines sur un
même animal et chaque marqueur est très polymorphe (on y trouve de 3 à 12 allèles, ou
variants). Aujourd’hui, on utilise à grande échelle des marqueurs dits SNP (Single Nucleotide
Polymorphism) : chaque marqueur est peu polymorphes (2 allèles seulement) mais on peut
observer des dizaines de milliers de marqueurs de ce type sur un même animal. Le
génotypage d’un animal, c’est-à-dire la détermination des deux allèles qu’il porte à chaque
marqueur, requiert un prélèvement biologique (souvent une prise de sang) puis l’extraction
de l’ADN et son analyse.
2.4 L’évaluation génétique des animaux
Lorsque l’on sélectionne un reproducteur, en définitive ce n’est pas à lui que l’on s’intéresse
mais à sa descendance. Afin de prédire les aptitudes de la descendance qu’un reproducteur
va engendrer, on définit la notion de valeur génétique. Cette valeur traduit l’effet quantitatif,
en écart à la moyenne des performances, de l’ensemble des gènes possédés par un animal.
La valeur génétique d’un reproducteur est transmise en moyenne par moitié à sa
descendance et, donc, en moyenne, chaque descendant reçoit la moitié de la valeur
génétique de chacun de ses parents.
La valeur génétique d’un animal n’est toutefois pas accessible directement, pour la simple
raison que l’on ne connaît en général pas tous les gènes gouvernant un caractère donné. Si
nous ne pouvons pas connaître la valeur génétique vraie d’un animal, nous pouvons
l’estimer : l’évaluation génétique consiste à estimer cette valeur génétique. Cette procédure
est très généralement désignée par le terme d’ « indexation », les index de valeur génétique
représentant la valeur génétique estimée des animaux et servant à classer les candidats à la
sélection selon leur mérite (d’où le terme d’index). Les index permettent de comparer la
valeur génétique d’animaux ou de groupes d’animaux dans l’espace (entre troupeaux,
régions, voire pays) et dans le temps (entre années).
L’évaluation génétique passe par l’analyse statistique des données zootechniques, selon des
méthodes relativement élaborées. A notre époque, la méthode de choix reconnue sur le plan
international est celle du BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) appliquée à un modèle dit
« animal ». Le calcul des index ne peut pas se faire si l’on ne dispose pas de performances
mesurées sur au moins une partie des animaux à évaluer. Dès lors que les liens
généalogiques sont connus (grâce à l’état civil), il est possible d’évaluer des animaux qui
n’ont pas de performances propres mais dont on connaît des apparentés avec
performances : c’est ainsi chez les ruminants laitiers, les mâles sont évalués sur la base des
performances de leur filles (évaluation sur descendance), et que dans les souches de poules
pondeuses, les coqs sont évalués sur la base des performances de leurs sœurs (évaluation
sur collatéraux).
Depuis une dizaine d’années, l’emploi de marqueurs moléculaires a permis de détecter de
courtes régions chromosomiques responsables d’une partie des variations d’un caractère :
on parle de QTL (Quantitative Trait Locus). A ce stade, on n’en est pas encore à
l’identification des gènes, mais cette information permet d’intégrer dans le processus
Journées Techniques Elevage Biologique - Sélection animale – 13 & 14 oct. 2010 à Lons le Saunier 8