Scuola di Dottorato di Ricerca in Parodontologia Sperimentale

Materiali e metodi Fase Analisi Genica
Geni coinvolti nei processi di incremento e di rimodellamento osseo
È stato ottenuto un iniziale set di geni coinvolti nei processi di incremento
e di rimodellamento osseo per mezzo di:
Entrez (www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery), motore di ricerca
che ha permesso l'accesso a vari database integrati, quali
PubMed, Genbank, KEGG, OMIM e Genatlas, in grado di fornire
riferimenti bibliografici e dati sperimentali 3 ;
liste di geni ricavate dai DNA-microarrays disponibili in
commercio.
È stata, quindi, eseguita una ricerca sistematica e ripetitiva, consistente in
cicli sequenziali di espansione e filtrazione dei dati:
l'espansione dei geni è stata ottenuta mediante l'utilizzo del
software STRING (versione 8.0);
la filtrazione dei nuovi geni, ottenuti col processo di espansione, è
stata realizzata mediante un'ulteriore ricerca eseguita su PubMed
che ha permesso di eliminare i falsi positivi.
I dati ricavati dai processi di espansione e filtrazione venivano considerati
convergenti solo quando non si riuscivano ad identificare nuovi geni
coinvolti nel processo analizzato: a questo punto il ciclo di ricerca veniva
arrestato.
Tutte le ricerche sono state eseguite nei database sopramenzionati
utilizzando la logica booleana ed i suoi operatori (AND, OR, NOT), ed
adoperando parole chiave scelte in base alla letteratura, quali
“osteoinduction, osteoconduction, distraction osteogenesis, guided bone
regeneration, revascularized bone grafting” per la valutazione del
processo di incremento osseo 1 e “bone resorption, osseous remodeling”
per l'analisi del processo di rimodellamento osseo (Tabella 3).
Sono stati presi in considerazione solo geni umani. Dei geni trovati, sono
stati utilizzati solo il simbolo ed il nome assegnati dalla nomenclatura
ufficiale di HUGO (Human Genome Organization), in modo da ridurre la
possibilità di errore in caso di nomi multipli dovuti a simboli precedenti o a
pseudonimi.
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