Scuola di Dottorato di Ricerca in Parodontologia Sperimentale

Previsione delle possibili interazioni
Dal software STRING sono state ricavate le interazioni tra i geni coinvolti
nei processi presi in considerazione, caratterizzate da un elevato livello di
confidenza (punteggio ≥ 0.9).
La somma dei punteggi delle associazioni previste combinate ha permesso
di conferire ad ogni gene una variabile numerica definita numero pesato di
legami (WNL, Weighted Number of Links).
Identificazione dei geni leader
La variabile WNL è stata impiegata nell'analisi a cluster. Si è ricorso
all'algoritmo K-mean per raggruppare i geni, che erano suddivisi in gruppi
mutualmente esclusivi.
È stato impiegato un algoritmo gerarchico per valutare i raggruppamenti
nei dati simultaneamente, tramite la realizzazione di un albero di cluster.
L’adeguato numero di cluster è stato ottenuto tagliando l’albero ad un
livello individuato dall’operatore e, pertanto, privo di un criterio
standardizzato o di un algoritmo a priori.
Per valutare il numero ottimale dei cluster K nel complesso dei dati, si è
ricorso al metodo del gap statistico, eseguendo un confronto tra la
dispersione all'interno del cluster e quella attesa in un'appropriata
distribuzione di riferimento dei dati. La distribuzione di riferimento è stata
generata estraendo m campioni (laddove m=numero dei geni) da una
distribuzione uniforme per dimensione di dati, ripetuta B volte (con B=5).
È stato, quindi, eseguito il test di Kruskal-Wallis per verificare il numero di
cluster ottenuti mediante il metodo del gap statistico, confrontando le
differenze tra i gruppi cluster con un livello di significatività statistica di α =
0.01.
Si è dato per assunto che i geni con il più alto WNL, che hanno fornito un
unico cluster, giochino un ruolo predominante in ciascuno dei processi
analizzati e, pertanto, sono stati definiti geni leader.
Gli altri geni sono stati suddivisi, in base alla loro importanza, in classi
definite con lettere progressive B, C, D etc.
I geni, invece, per i quali non sono state individuate associazioni predittive
(WNL = 0), sono stati definiti geni orfani.
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