a la physique de l'information - Lisa - Université d'Angers

capacité à collecter des données sur des végétaux dans un temps limité tout en améliorant la
nature et la précision des mesures est d’un intérêt primordial comme le souligne l’INRA dans son
projet de priorité scientifique pour la période 2010-2014 (voir http://www.inra2014.fr/). Ainsi,
après le biomédical, le biovégétal avec la problématique du phénotypage de grandes populations
de plante apparaît comme un nouveau domaine applicatif nécessitant la collaboration étroite
entre spécialistes du végétal et des sciences et technologies de l’information et de la communication.
Des plateforme de phénotypage fleurissent actuellement à travers le monde (par exemple
http://www.apf.edu.au/ en Australie ou http://www.fz-juelich.de/icg/icg-3/jppc en Europe) en
adaptant les techniques d’acquisitions aux objets et échelles d’études spécifiques dans chacun de
ces centres. Au sein de la région Pays de la Loire, un secteur important et original de production
concerne le végétal spécialisé (semences et horticulture au sens large). Dans ce contexte, une
plateforme spécifiquement dédiée à l’imagerie du végétal spécialisé est actuellement en cours de
développement sur le site d’Angers. C’est l’objet du projet PHENOTIC dont j’ai la responsabilité
en tant que coordinateur principal pour la partie sciences de l’information avec Carolyne
DÜRR (ingénieure INRA) pour la partie sciences du végétale. Trois supports d’étude ont été
retenus pour ce projet : la croissance d’une plantule depuis la semence jusqu’à la reprise de la
photosynthèse; la mise en place de l’architecture d’un rosier ; le développement d’un pathogène
dans différents tissus. Le projet porte sur le développement de nouvelles techniques d’imagerie
adaptées à ces différents objets végétaux, de tailles variant du millimètre au mètre, et placés
dans des environnements très variés. Le descriptif des voies envisagées et le détail des avancées
sont visibles sur le site web (http://www.istia.univ-angers.fr/LISA/PHENOTIC/index.html).
Ce travail part clairement d’une demande de type ingénierie qui ne s’exprime pas directement
en terme de recherche. Afin de rester dans le cadre de mes missions d’enseignement et de
recherche. J’ai choisi d’utiliser ces demandes pour proposer des sujets de projet ou de stage
de master aux étudiants. Il s’agit d’un choix délibéré décidé dès le montage du projet puisque
10 bourses de stages de master ont été demandées sur la durée 2009-2011 (anticipant ainsi
l’obligation de gratification des stages légiférée en 2010). Ces travaux m’ont amené à proposer
et explorer certaines pistes innovantes à l’occasion de partenariats initiés par mes soins :
• Test de la microscopie holographique pour ausculter sans contact et de façon non destructive
la surface des feuilles lors du développement de champignons (réalisé en partenariat avec l’Ecole
Polytechnique Fédérale de Lausanne voir Fig. 4.18A).
• Test de l’IRM pour caractériser la quantité d’eau chez les feuilles atteintes de pathologies
(réalisé en partenariat avec le service commun d’analyses de l’université d’Angers voir
Fig. 4.18B).
• Test de scanner biomédical pour acquérir l’architecture complète d’un rosier (réalisé en partenariat
avec le CHU d’Angers voir Fig. 4.18C).
Je me suis aussi engagé (directement ou en tant qu’encadrant) dans la réalisation effective de
différents prototypes :
• Création d’une visionneuse pour la détection manuelle et automatique de défauts de graine en
imagerie par rayons X.
• Agencement d’un plateau tournant pour l’acquisition et le traitement d’images de rosier en
vue d’en extraire l’enveloppe externe.
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