Grafiken und Statistik in R

CCA2
−4 −3 −2 −1 0 1 2
02−Hal−10−Mi
02−WHa−14
CCA
02−YeR−42−Mi
02−YeR−41−Mi
02−YeR−44−Mi
02−YeR−40−Mi
02−YeR−51−Mi
02−XiX−02−Mi
02−YeR−35−Mi
02−YeR−39−Mi
03−Sic−24
02−YeR−50−Mi
Amp_sp.
02−YeR−46−Mi
03−Gah−01
Can_com 02−ZlH−01−Mi
02−YeR−49−Mi
02−YeR−13−Mi
Par_eup 02−ErH−01−Mi
03−Sic−21
03−Sic−02 Ily_ech Can_can Fab_dan 02−YeR−36−Mi
Het_sp. Ton_lut 02−YeR−26−Mi
02−YeR−43−Mi
Ily_bra Par_sp.
02−YeR−07−Mi
02−Cha−01−Mi Cyc_ovu
03−Sic−12
pH Lim_san Can_rawCan_sp.
Par_psa
Euc_dul Fab_cau Cyp_vid
Het_sal Ste_maj Her_sp.
02−YeR−32−Mi
Sar_acu DO_.
Het_inc
Ton_con Cyc_sp.
Lim_ino
02−YeR−16−Mi 02−YeR−30−Mi Pot_arc
Can_fab
02−YeR−47−Mi
02−YeR−34−Mi Euc_infCyp_pub
02−YeR−48−Mi
02−YeR−14−Mi
02−YeR−29−Mi 03−Sic−26
02−YeR−25−Mi salinity
Leu_mir
02−YeR−31−Mi
02−YeR−17−Mi
02−YeR−38−Mi
02−YeR−19−Mi
02−YeR−20−Mi
0 2 4 6
CCA1
cca(...)
−1 0 1
vegan
4.5 Ordinationsmethoden
4.5.4 CCA - unimodal, direkt
4 Statistik
Eine Kanonische Korrespondenzanalyse (CCA) kann man mit der Funktion cca im package vegan berechnen
lassen. � eine gleiche Funktion gibt es im package ade4.
# CCA – vegan (Hilfebeispiel)
library(vegan) # Paket laden
data(dune) # Beispieldatensatz (Arten - Gräser)
data(dune.env) # Beispieldatensatz (Umweltdaten)
modell good ; good.scale scores.x
scores$species[filter,2] + good[filter]*0.2 -> scores.y
rownames(scores$species)[filter] -> namen # Beschriftung
text(scores.x, scores.y, labels=namen, adj=0, col="red")
# automatische Angabe der Grenze für goodness
title(paste("'dune' - Daten nach 'goodness' > ", grenze,"
# Legende
beschriftet"))
# Sequenz Länge 6 von min nach max
good.summary