Rasterkraftmikroskopische Untersuchungen an nativen biologischen ...
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PROJEKTE UND ERGEBNISSE<br />
3 Sucroseporin, Diskussion<br />
al., 1999; Müller et al., 1999) ohne Probleme zu erreichen sein dürfte. Dies gilt insbesondere bei<br />
Berücksichtigung der Tatsache, dass die meisten veröffentlichten Arbeiten etwa für die FRC das<br />
optimistischere Kriterium <strong>an</strong>wenden. Die Werte für die St<strong>an</strong>dardabweichung als Maß der axialen<br />
Auflösung entsprechen bereits dem in der Literatur zu findenden Niveau. Bei höherem Anteil größerer<br />
kristalliner Fragmente sind künftig Messungen mit noch kleinerem Pixelabst<strong>an</strong>d möglich,<br />
bei den bisherigen Aufnahmen war dieser Wert noch am oberen R<strong>an</strong>d dessen, was gewöhnlich als<br />
hochauflösend bezeichnet wird (zu kleine Arrays für Identifikation und „Hineinzoomen“). Verlust<br />
<strong>an</strong> Auflösung durch Interpolationen im Laufe des Alignments können d<strong>an</strong>n besser kompensiert<br />
werden (Kap. G&M 7.2.4.2).<br />
Bei größeren Datensätzen k<strong>an</strong>n künftig die Analyse und Unterscheidung verschiedener Zustände<br />
eines Moleküls mit Hilfe der in SPIDER verfügbaren Funktionen multivariater statistischer Analyse<br />
und Klassifikation (Fr<strong>an</strong>k, 1996) automatisiert werden, insbesondere bei Abbildungen räumlich<br />
nicht so deutlich abgrenzbarer homogener Bezirke. Dies bezieht sich sowohl auf die verschiedenen<br />
Zustände der extrazellulären Loops als auch auf Abbildungen der periplasmatischen Seite mit<br />
mehr oder weniger ausgeprägtem Beitrag des N-Terminus zum Kontrast.<br />
Für die Analyse von SFM-Daten wurde das Bildverarbeitungssystem SPIDER bisher in nur einer<br />
<strong>an</strong>deren dokumentierten Arbeit eingesetzt (Zuber und Barklis, 2000), nämlich zur Korrelationsmittelung<br />
von in SPIDER importierten TIFF-Bilddaten.<br />
3.4.4 Ausblick<br />
Für weiterführende <strong>Untersuchungen</strong> <strong>an</strong> diesem Protein mit kraftmikroskopischen Verfahren wäre<br />
vor allem ein Vergleich mit der Abbildung der Deletionsmut<strong>an</strong>te von Interesse, der 70 Aminosäuren<br />
im Bereich des N-Terminus fehlen (Schülein et al., 1995). Diese st<strong>an</strong>d während der experimentellen<br />
Phase dieser Arbeit nicht zur Verfügung. Außerdem könnte eine Vari<strong>an</strong>te ohne den<br />
N-Terminus auch in situ durch enzymatischen Verdau erzeugt und unmittelbar abgebildet werden<br />
(Scheuring et al., 1999). Die zur Optimierung des Messpuffers für die periplasmatische Seite<br />
ohnehin noch nötigen empirischen Tests könnten um eine explizite Bestimmung der Oberflächenladungsdichten<br />
beider Seiten des rekonstituierten Proteins (Butt, 1992) erweitert werden.<br />
Eine Immobilisierung des mittlerweile rekombin<strong>an</strong>t verfügbaren Coiled-Coil-Peptids (Dumas et<br />
al., 2000) auf den in Kapitel 2 beschriebenen Fur<strong>an</strong>polymer-Substraten und die Analyse der Abbildungen<br />
mit Hilfe von Einzelpartikelmittelungsverfahren k<strong>an</strong>n detailliertere Informationen über<br />
dessen tatsächliche Abmessungen liefern.<br />
Systematischere <strong>Untersuchungen</strong> bei Variation der Auflagekraft im Kontaktmodus müssen noch<br />
zur näheren Charakterisierung der Eigenschaften des N-Terminus und der Flexibilität der extra-<br />
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