Regulationsmechanismen von Oxacillinresistenz und Biofilmbildung ...

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2 Material und Methoden 26 Bezeichnung Sequenz (in 5´-3´ Richtung) Schnittstelle Bemerkung vsigBR1 CTCGGATCCCCAATGAGACAAGAAGGCAC BamHI Fragment vsigB vsigBL1 CTCGAGCTCCTTGAGCTTGGCTATCTTCG SacI hsigBR1 CTCGCTAGCCGAAAGAAGCTCAGGTGGAC NheI Fragment hsigB hsigBL1 CTCGGTACCGATGCTGAATAAACTGATGCG KpnI Die Erkennungssequenzen für die hinter den Oligonukleotiden genannten Restriktionsenzyme sind jeweils unterstrichen. Für Insertionskontrollen und Sequenzierungen erm.rev AACCATACGCAAGACCAATC erm.for GCCTACGGGGAATTTGTATC JMK7 AGATTTAGTTCAAGTTGGTA JMK8 TTATCATCTTGTTGTCCCAT JMK16 CTTGAGCTTGGCTATCTTCG JMK17 TTCTACGTGAAGGTGGTCTAGG JMK19 GCCAAAAAGAGACTGGTGAA JMK24 TCAAAATCACCTATACCCTACA JMK28 GTGAATGTCCATAAGCATCC JMK34 TTTCTTTTAGCCTCAGTTGC JMK36 GTCTTTTCTACCACGCTTTTC JMK46 TTCTGGTAACACATCGAGCG JMK47 AGAAGCAGATAAAGATGGTTCG JMK48 AATTACCCTCTACATCTCGTGC JMK50 ATAATCCTAGACCACCTTCACG JMK55 TGTTTATTTAGCGGATTTATCACC Für Hybridisierungssonden asp23.for1 AAAATCAAAAAGCACTTGAGCG asp23.rev2 AAAAAATTGCAGGTATTGCAG erm.for1 AATTGGAACAGGTAAAGGGC erm.rev1 AACATCTGTGGTATGGCGG icaA.for1 GAATCCAAAATTAGGCGCAG icaA.rev2 AACATCCAGCATAGAGCACG icaR.for1 CCTCTTTATCCAAAGCGATG icaR.rev2 TCCGAAAAGGGGTACGATG sarA.for1 ATAGGGAGGTTTCATTAATGGC sarA.rev2 TTTGCTTCTGTGATACGGTTG sigB.for1 AGATTTAGTTCAAGTTGGTA sigB.rev2 TTATCATCTTGTTGTCCCAT barA.for1 ACGGTTTTGTCTTTACATCAGG barA.rev2 TTTACGTCTTTAGGCAACCG Für quantitative Transkriptionsanalyse asp23real2.for TCCAACTTCTACAGATACGCC asp23real3.rev AAAATTGCAGGTATTGCAGC gyrB-real1.for CTGACAATGGCCGTGGTATTC gyrB-real1.rev GAAGATCCAACACCGTGAAGAC icaA-real1.for TGTATCAAGCGAAGTCAATCTC icaA-real1.rev GGCACTAACATCCAGCATAG icaR-real1.for TGAAGATGGTGTTTGATTTGTG icaR-real2.rev CCATTGACGGACTTTACCAG
2 Material und Methoden 27 Bezeichnung rsbU-real1.for rsbU-real2.rev rsbVW-real1.for rsbVW-real2.rev sarA-real1.for sarA-real2.rev Sequenz (in 5´-3´ Richtung) AGCGTTTGAGGAAATTGGTGTG CCTCTACATCTCGTGCCTCTG TTGTCACCGCTTCACTCAC AGGACGGAGGTAGAATAACATG AAAAACGTAATGAACACGATG TTGCTTCTGTGATACGGTTG 2.1.9 Plasmide Tabelle 2.6 Übersicht über die verwendeten Plasmide Stamm Bemerkung Referenzen pCR2.1 TOPO E. coli Vektor für die Klonierung von PCR Amplifikaten Invitrogen pBT2 Temperatursensitiver E. coli/Staphylococcus Shuttlevektor 34 pJKMK440-6.2 pCR2.1-TOPO mit erm Fragment Diese Arbeit pJKMK440-1.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment vrsbU Diese Arbeit pJKMK440-2.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbU Diese Arbeit pSJ440-2.2.1 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbU nach Religation Diese Arbeit pSJ440-2.2.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment erm und hrsbU nach Religation Diese Arbeit pSJ440-2.2.3 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von rsbU durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pJKMK440-3.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment vrsbV Diese Arbeit pJKMK440-4.3 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbV Diese Arbeit pSJ440-4.3.1 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbV nach Religation Diese Arbeit pSJ440-4.3.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment erm und hrsbV nach Religation Diese Arbeit pSJ440-4.3.3 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von rsbV durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pJKMK440-5.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment vrsbW Diese Arbeit pJKMK440-7.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbW Diese Arbeit pSJ440-7.2.1 pCR2.1-TOPO mit Fragment hrsbW nach Religation Diese Arbeit pSJ440-7.2.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment erm und hrsbW nach Religation Diese Arbeit pSJ440-7.2.3 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von rsbW durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pJKMK440-8.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment vsigB Diese Arbeit pSJ1 pCR2.1-TOPO mit Fragment hsigB Diese Arbeit pSJ1.1 pCR2.1-TOPO mit Fragment hsigB nach Religation Diese Arbeit pSJ1.2 pCR2.1-TOPO mit Fragment erm und hsigB nach Religation Diese Arbeit pSJ1.3 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von sigB durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pSJ2 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von rsbUVW durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pSJ3 pCR2.1-TOPO mit Konstrukt zur Deletion von rsbUVWsigB Diese Arbeit durch homologen Genaustausch pSJrsbU pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von rsbU durch homologen Diese Arbeit Genaustausch pSJrsbV pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von rsbV durch homologen Diese Arbeit Genaustausch pSJrsbW pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von rsbW durch homologen Diese Arbeit Genaustausch pSJsigB pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von sigB durch homologen Diese Arbeit Genaustausch pSJrsbUVW pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von rsbUVW durch Diese Arbeit homologen Genaustausch pSJrsbUVWsigB pBT2 mit Konstrukt zur Deletion von rsbUVWsigB durch homologen Genaustausch Diese Arbeit
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