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Chapitre 4
Conclusion et perspectives
Le développement des champs de force polarisables a été extensif cette dernière
décennie. Cependant, il n’existe que peu de cas (exemple : les métallo-protéases) pour
lesquels les champs de force polarisables démontrent une meilleure reproduction des
systèmes biologiques par rapport aux champs de force additifs de paire. Nous avons
vu que trois grandes familles de modèles polarisables pour des systèmes biologiques se
distinguaient. Les charges fluctuantes se basent sur un principe de monopôles variant au
fur et à mesure de la simulation par rapport à l’environnement, ce qui permet un calcul
rapide du terme de polarisation explicite (inclus dans le potentiel électrostatique). Les
oscillateurs de Drude ont également un modèle de monopôles mais ceux-ci sont fixes tout
au long de la simulation. L’ajout de charges délocalisées reliées par un ressort permet
de faire varier le moment dipolaire total par rapport à l’influence du champ électrique
externe. Ce modèle est assez aboutit car il permet d’effectuer des simulations longues
sur des systèmes d’intérêt biologique comme montré dans les références [72, 73, 143,
214, 218, 289, 290]. Le dernier modèle, qui est aussi le modèle utilisé dans cette thèse,
a pour principe l’ajout de polarisabilités distribuées afin de définir un terme d’énergie
d’induction explicite à l’énergie d’interaction.
Le modèle présenté ici contient un terme électrostatique tronqué à l’ordre zéro du
développement multipolaire (charges), un terme d’induction tronqué à l’ordre un (flux de
charges et polarisabilités dipolaires isotropes) et un terme de van der Waals utilisant un
potentiel de Buckingham (exp-r -6 ). Afin de considérer l’énergie d’échange-induction, un
potentiel d’atténuation (Tang et Toennies) tronqué à l’ordre trois du développement peut
être utilisé. La méthodologie pour dériver les paramètres de chacun des potentiels a été
décrite par Archambault et al. [164]. Elle consiste en une dérivation de charges dérivées
du potentiel pour la molécule isolée pour la partie électrostatique. Les polarisabilités
distribuées sont également obtenues à partir de plusieurs calculs quantiques pour la
molécule isolée. Les paramètres pour la fonction de Tang et Toennies sont obtenus en