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88 Chapitre 3. Développement d’un potentiel intermoléculaire polarisable simple et précis ∆Utot,min Li + Na + K + Mg 2+ Ca 2+ F − Cl − Br − I − H2O -32.63 -22.91 -16.85 -78.80 -52.98 -22.38 -13.07 -11.14 -9.25 -3.60 H2O -32.69 -23.12 -16.91 -79.85 -52.75 -22.46 -13.00 -11.08 -9.22 -3.60 -37.45 -23.41 -17.57 -114.17 -74.25 Benzene -37.43 -23.70 -17.60 -116.41 -74.23 Table 3.12 – Minimum d’énergie potentielle pour l’interaction entre la molécule d’eau et des cations ou des anions ainsi qu’entre la molécule de benzène et des cations. La valeur quantique de référence est en gras et toutes les distances sont exprimées en Ångström.
3.6. Vers les simulations de dynamique moléculaire 89 3.6 Vers les simulations de dynamique moléculaire L’objectif final de cette thèse est de pouvoir effectuer des dynamiques moléculaires de phase condensée, dans la mesure du possible, grâce à des paramètres issus de la mécanique quantique seule. Afin de présenter les résultats obtenus par notre modèle, il faut, tout d’abord, discuter de la stratégie qui permet de résoudre les moments induits en dynamique moléculaire. Puis, je détaillerai l’approche utilisée dans le logiciel Tinker pour effectuer les simulations. Finalement, nous verrons pourquoi nous devons optimiser les paramètres de van der Waals obtenus précédemment. 3.7 Traitement des moments induits en dynamique molécu- laire Afin de traiter les moments induits en dynamique moléculaire, il existe deux méthodes usuellement employées : le Lagrangien étendu et le traitement auto-cohérent. 3.7.1 Le Lagrangien étendu Pour calculer les dipôles induits, il est possible d’étendre le Lagrangien du système en considérant ces dipôles comme des variables dynamiques supplémentaires. Le lagrangien est L = K − U avec U l’énergie potentielle électrostatique (incluant l’énergie de polarisation) et K l’énergie cinétique des particules et des dipôles considérés. En définissant la pseudo-masse mµ aux dipôles induits, le Lagrangien du système s’écrit alors : L = 1 2 N p2 i mi i=1 − (U − Upol) + 1 2 N mµ i=1 dµ 2 i dt 2 − Upol (3.20) Il est alors possible de réécrire les équations lagrangiennes de propagation des moments induits comme : d’où : mµ d dt ∂L ∂( dµi dt ) = ∂L ∂µi d2 µi = −µi + Ei dt2 αi (3.21) (3.22)
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ÉCOLE DOCTORALE SESAMES SYNTHÈSES
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Table des matières 1 Champs de for
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Sommaire Chapitre 1 Champs de force
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molécule n’ont pas la même libe
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1.1. Champs de force additifs de pa
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1.1. Champs de force additifs de pa
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1.2. La polarisation explicite est-
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1.3. Problématique et objectifs 15
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18 Chapitre 2. Énergies intermolé
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Page 134 and 135: 126 Bibliographie 133. Xu, Z., Luo,
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138 Bibliographie 277. Darden, T.,
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Vers une modélisation plus réalis
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