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Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de ...

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2.2. Métho<strong>de</strong>s empiriques 35<br />

Dans cette expression, E 0 i<br />

N<br />

Ustat = − qi[ri · E<br />

i=1<br />

0 i − (ri + di) · E 0′<br />

i ] (2.38)<br />

(respectivement E0′ i ) <strong>est</strong> <strong>le</strong> champ permanent autour<br />

<strong>de</strong> l’atome i (respectivement la <strong>par</strong>ticu<strong>le</strong> <strong>de</strong> Dru<strong>de</strong> liée à l’atome i) à la distance ri<br />

(respectivement ri + di).<br />

Un <strong>de</strong>s développement majeur pour <strong>le</strong>s oscillateurs <strong>de</strong> Dru<strong>de</strong> <strong>est</strong> l’implantation dans<br />

<strong>le</strong> champ <strong>de</strong> force Charmm du modè<strong>le</strong> d’eau polarisab<strong>le</strong> [244, 281]. Dans <strong>le</strong> modè<strong>le</strong><br />

initial <strong>de</strong> la molécu<strong>le</strong> d’eau, appelé SWM4-DP [145] (simp<strong>le</strong> water mo<strong>de</strong>l with four sites<br />

and Dru<strong>de</strong> polarizability), la <strong>par</strong>ticu<strong>le</strong> <strong>de</strong> Dru<strong>de</strong>, reliée à l’atome d’oxygène, <strong>est</strong> chargée<br />

positivement. Le fait <strong>de</strong> considérer la <strong>par</strong>ticu<strong>le</strong> comme chargée positivement n’<strong>est</strong> pas<br />

représentatif <strong>de</strong> l’interprétation physique <strong>de</strong> cette <strong>par</strong>ticu<strong>le</strong> qui <strong>est</strong> sensée représenter <strong>le</strong>s<br />

<strong>de</strong>grés <strong>de</strong> liberté du système é<strong>le</strong>ctronique. Par conséquent, un nouveau modè<strong>le</strong> nommé<br />

SWM4-NDP [282] (negative Dru<strong>de</strong> <strong>par</strong>tic<strong>le</strong>) et ayant un modè<strong>le</strong> é<strong>le</strong>ctronique inversé <strong>par</strong><br />

rapport au précè<strong>de</strong>nt, a été développé. Dans celui-ci, contrairement aux modè<strong>le</strong>s « shell »<br />

standards, <strong>le</strong> potentiel 6–12 <strong>de</strong> Lennard-Jones <strong>est</strong> associé à l’atome d’oxygène et non<br />

plus à la <strong>par</strong>ticu<strong>le</strong> <strong>de</strong> Dru<strong>de</strong>. <strong>Ce</strong> modè<strong>le</strong> possè<strong>de</strong> l’avantage <strong>de</strong> conduire à <strong>de</strong> très bonnes<br />

propriétés (enthalpie <strong>de</strong> vaporisation, constante dié<strong>le</strong>ctrique, constante d’auto-diffusion)<br />

pour <strong>de</strong>s simulations d’eau liqui<strong>de</strong> à température et pression ambiantes. <strong>Ce</strong>pendant,<br />

certaines propriétés r<strong>est</strong>ent mal reproduites, comme la fonction <strong>de</strong> distribution radi-<br />

a<strong>le</strong> (premier et second pics indiquant un manque <strong>de</strong> structure) et une polarisabilité<br />

moléculaire trop faib<strong>le</strong> (0.978 Å 3 ) <strong>par</strong> rapport à la va<strong>le</strong>ur expérimenta<strong>le</strong> (1.44 Å 3 ). <strong>Ce</strong>ci<br />

peut être expliqué <strong>par</strong> <strong>le</strong> fait que <strong>le</strong>s <strong>par</strong>amètres importants (charges et constantes <strong>de</strong><br />

rai<strong>de</strong>ur du ressort) <strong>de</strong> ce modè<strong>le</strong> sont déterminés <strong>de</strong> manière à reproduire au mieux <strong>le</strong>s<br />

gran<strong>de</strong>urs expérimenta<strong>le</strong>s, sans tenir compte du résultat quantique (voir protoco<strong>le</strong> dans<br />

<strong>le</strong>s artic<strong>le</strong>s [283, 284]). Malgré cela, <strong>de</strong>puis plusieurs années, <strong>le</strong>s oscillateurs <strong>de</strong> Dru<strong>de</strong><br />

permettent d’obtenir <strong>de</strong> très bons résultats pour un faib<strong>le</strong> coût calculatoire, pour <strong>de</strong>s<br />

simulations d’ions, d’alcanes, <strong>de</strong> protéines... [72, 73, 139, 143, 214, 218, 285–290].

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