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100 Chapitre 4. Conclusion et perspectives
comparant l’énergie d’induction du modèle et celle de la référence quantique (SAPT). Le
potentiel de Buckingham est ajusté afin de reproduire au mieux l’énergie d’interaction
totale. Ainsi, il embrasse toutes les contributions d’échange qui n’auraient pas été prises en
compte explicitement dans les précédents potentiels (par exemple les effets de pénétration
dans le potentiel électrostatique).
Le modèle ainsi défini nous a permis de reproduire de façon très fidèle un grand
nombre d’énergies d’interaction entre des molécules (eau et benzène) et des cations ou
anions. Cet accord suivant une direction spécifique de l’interaction a besoin de faire ses
preuves sur diverses orientations présentes dans des simulations de systèmes biologiques.
Les premiers essais sur des agrégats d’eau, en simulation de dynamique moléculaire,
ont montré que les paramètres de van der Waals obtenus n’étaient pas nécessairement
optimums. Ceux-ci avaient la tendance d’exagérer certaines configurations ou de perdre
toute structure dans l’enchainement des molécules d’eau au sein de la boîte. L’objectif est
maintenant d’améliorer et d’étendre la méthode d’ajustement pour obtenir des paramètres
de van der Waals adaptés à des simulations en phase condensée sans avoir à reparamétrer
le potentiel. Un début de réponse a été apporté grâce à des géométries représentatives de
la phase aqueuse.
Les polarisabilités distribuées pour les vingt acides aminés naturels permettraient
d’avoir un champ de force plus complet et utilisable pour simuler des systèmes biologiques
réalistes. La carte d’induction de fragments d’acides aminés nécessite un temps de calcul
important et n’a donc pas pu être menée à bout au cours de cette thèse. Une fois les
assemblages d’acides aminés constitués, il restera à trouver une méthode pour joindre les
polarisabilités obtenues sur des fragments isolés.