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3.6. Vers les simulations de dynamique moléculaire 89
3.6 Vers les simulations de dynamique moléculaire
L’objectif final de cette thèse est de pouvoir effectuer des dynamiques moléculaires
de phase condensée, dans la mesure du possible, grâce à des paramètres issus de la
mécanique quantique seule. Afin de présenter les résultats obtenus par notre modèle, il
faut, tout d’abord, discuter de la stratégie qui permet de résoudre les moments induits
en dynamique moléculaire. Puis, je détaillerai l’approche utilisée dans le logiciel Tinker
pour effectuer les simulations. Finalement, nous verrons pourquoi nous devons optimiser
les paramètres de van der Waals obtenus précédemment.
3.7 Traitement des moments induits en dynamique molécu-
laire
Afin de traiter les moments induits en dynamique moléculaire, il existe deux méthodes
usuellement employées : le Lagrangien étendu et le traitement auto-cohérent.
3.7.1 Le Lagrangien étendu
Pour calculer les dipôles induits, il est possible d’étendre le Lagrangien du système en
considérant ces dipôles comme des variables dynamiques supplémentaires. Le lagrangien
est L = K − U avec U l’énergie potentielle électrostatique (incluant l’énergie de polari-
sation) et K l’énergie cinétique des particules et des dipôles considérés. En définissant la
pseudo-masse mµ aux dipôles induits, le Lagrangien du système s’écrit alors :
L = 1
2
N p2 i
mi i=1
− (U − Upol) + 1
2
N
mµ
i=1
dµ 2 i
dt
2 − Upol
(3.20)
Il est alors possible de réécrire les équations lagrangiennes de propagation des moments
induits comme :
d’où :
mµ
d
dt
∂L
∂( dµi
dt
) = ∂L
∂µi
d2 µi
= −µi + Ei
dt2 αi
(3.21)
(3.22)