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3.8. Code de dynamique moléculaire : Tinker 91
3.8 Code de dynamique moléculaire : Tinker
Avant de pouvoir utiliser Tinker, il a fallu modifier certaines routines et ajouter des
options au programme :
— Pour le potentiel électrostatique, les molécules seront considérées comme rigides.
Dans le cas de la molécule d’eau, le site fictif ne posera donc aucun problème. Étant
donné que nous ne traitons que des monopôles pour les sites atomiques ou les extra-sites,
le programme Tinker ne nécessite aucune modification pour ce potentiel.
— Le potentiel de polarisation est un peu plus complexe. Tinker, dans sa version
standard, ne gère que les polarisabilités dipolaires isotropes c’est pourquoi je me suis
limité, dans un premier temps, à l’étude du modèle de l’eau faisant appel uniquement à ce
type de polarisabilité. L’extension de Tinker aux flux de charges requerra la modification
du programme sachant que la plupart des éléments du tenseur d’interaction électrostatique
sont déjà codés. Au niveau de l’échange induction, le seul schéma d’atténuation fourni par
Tinker est le modèle de Thole [199]. J’ai donc ajouté la fonction d’atténuation de Tang
et Toennies. Comme exprimé dans la section 3.3.3, cela revient à multiplier le tenseur
d’interaction électrostatique par la fonction de Tang et Toennies. La dérivée de la fonction
de Tang et Toennies (équation 3.15) est de la forme :
df3(β, rab)
drab
= β4 r 3 ab
6
exp(−βrab) (3.23)
— Le dernier potentiel qu’il faut manipuler est celui de van der Waals, et en partic-
ulier, la forme proposée par Buckingham. Pour l’inclure, il faut les dérivées successives de
l’équation 3.19 par rapport à la distance :
dU Buckingham
vdW
drij
d 2 U Buckingham
vdW
dr 2 ij
=
⎡
⎤
6
A2ij 1
⎣−εij ∗ A1ij ∗ exp(−A1ij ∗ rrij) + 6 ∗
⎦
rij rij
i