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iv Table des matières
3.5 Énergie totale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
3.6 Vers les simulations de dynamique moléculaire . . . . . . . . . . . . . . . . 89
3.7 Traitement des moments induits en dynamique moléculaire . . . . . . . . . 89
3.7.1 Le Lagrangien étendu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
3.7.2 Le traitement auto-cohérent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
3.8 Code de dynamique moléculaire : Tinker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
3.9 Cas d’une simulation de l’eau . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
3.9.1 Nouveaux paramètres de van der Waals . . . . . . . . . . . . . . . . 96
4 Conclusion et perspectives 99
A Fichiers d’entrée et de sortie SAPT 101
A.1 Fichiers d’entrée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
A.2 Fichier de sortie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
B Détermination des paramètres de Tang and Toennies en mécanique
quantique 109
C Intégration des moments induits en dynamique moléculaire 111