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Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de ...

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1.2. La polarisation explicite <strong>est</strong>-el<strong>le</strong> nécessaire ? 9<br />

sous l’effet <strong>de</strong> la polarisation <strong>de</strong>s molécu<strong>le</strong>s d’eau environnantes, il augmente et prend la<br />

va<strong>le</strong>ur ∼ 2.95 D [42]. Les propriétés <strong>de</strong> l’eau liqui<strong>de</strong> peuvent toutefois être modélisées <strong>par</strong><br />

l’intermédiaire d’un potentiel additif <strong>de</strong> paires. De nombreux modè<strong>le</strong>s, décrits <strong>de</strong> manière<br />

extensive dans la revue <strong>de</strong> Guillot [43], font appel à un jeu <strong>de</strong> charges <strong>par</strong>tiel<strong>le</strong>s fixes<br />

représentatif du dipô<strong>le</strong> <strong>de</strong> l’eau en phase con<strong>de</strong>nsée. Les différentes propriétés chimiques<br />

<strong>de</strong> l’eau peuvent ainsi être reproduites <strong>par</strong> <strong>de</strong>s potentiels additifs spécifiques bien qu’aucun<br />

<strong>de</strong> ces modè<strong>le</strong>s n’ait la capacité <strong>de</strong> <strong>le</strong>s décrire toutes précisément simultanément. Les<br />

champs <strong>de</strong> force additifs <strong>de</strong> paires ont été, sont et seront sans aucun doute utilisés avec<br />

succès pour modéliser une gran<strong>de</strong> variété <strong>de</strong>s processus chimiques. <strong>Ce</strong> constat conduit<br />

légitimement à se poser la qu<strong>est</strong>ion <strong>de</strong> la nécessité <strong>de</strong> développer <strong>de</strong>s champs <strong>de</strong> force<br />

traitant explicitement <strong>le</strong>s effets <strong>de</strong> polarisation à n-corps.<br />

1.2 La polarisation explicite <strong>est</strong>-el<strong>le</strong> nécessaire ?<br />

Depuis <strong>le</strong> début <strong>de</strong> l’utilisation <strong>de</strong>s champs <strong>de</strong> force, la nécessité <strong>de</strong> traiter ex-<br />

plicitement <strong>le</strong>s effets <strong>de</strong> polarisation <strong>est</strong> source <strong>de</strong> nombreuses discussions [44]. Prenons<br />

l’exemp<strong>le</strong> <strong>de</strong> petits solutés peu polaires dans un milieu faib<strong>le</strong>ment polarisant, un potentiel<br />

additif <strong>de</strong> paires <strong>est</strong> tout à fait capab<strong>le</strong> <strong>de</strong> reproduire bon nombre <strong>de</strong> propriétés physic-<br />

ochimiques <strong>de</strong> ces systèmes, dont, <strong>par</strong> exemp<strong>le</strong>, <strong>le</strong>s énergies <strong>de</strong> solvatation [45–48]. Pour<br />

modéliser <strong>de</strong> tels assemblages, il <strong>est</strong> peu pertinent d’alourdir inuti<strong>le</strong>ment la <strong>de</strong>scription<br />

<strong>de</strong>s interactions intermoléculaires. Pour <strong>de</strong>s assemblages plus comp<strong>le</strong>xes, l’approximation<br />

additive s’avère souvent suffisante pour rendre compte, si ce n’<strong>est</strong> quantitativement, au<br />

moins qualitativement <strong>de</strong> la physique <strong>de</strong> ces systèmes. Par exemp<strong>le</strong>, pour <strong>le</strong> canal ionique<br />

<strong>de</strong> la gramicidine, il a clairement été montré que <strong>le</strong> traitement explicite <strong>de</strong> la polarisation<br />

ne fournit qu’une correction margina<strong>le</strong> au profil d’énergie libre associé à la translocation<br />

<strong>de</strong> cation sodium ou potassium au travers <strong>de</strong> cette protéine [49, 50].<br />

Dans <strong>le</strong> cas <strong>de</strong> l’eau, <strong>le</strong> traitement explicite <strong>de</strong> la polarisabilité conduit à <strong>de</strong>s conclu-<br />

sions mitigées. La plu<strong>par</strong>t <strong>de</strong>s modè<strong>le</strong>s polarisab<strong>le</strong>s, bien qu’améliorant sensib<strong>le</strong>ment la<br />

reproduction <strong>de</strong> certaines gran<strong>de</strong>urs ne permettent pas, à l’instar <strong>de</strong>s modè<strong>le</strong>s additifs, <strong>de</strong><br />

reproduire l’ensemb<strong>le</strong> du spectre <strong>de</strong>s propriétés physicochimiques <strong>de</strong> l’eau. Il <strong>est</strong> toutefois<br />

diffici<strong>le</strong> d’attribuer cette défaillance au seul problème <strong>de</strong> la polarisation. Le modè<strong>le</strong><br />

é<strong>le</strong>ctrostatique, <strong>le</strong> modè<strong>le</strong> polarisab<strong>le</strong> bien souvent isotrope ou bien encore l’absence du

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