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Chapitre 3
Développement d’un potentiel
intermoléculaire polarisable simple
Sommaire
et précis
3.1 Référence quantique utilisée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
3.1.1 Question sur le δHF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
3.1.2 Analogie entre SAPT et le potentiel intermoléculaire . . . . . . . . . . 40
3.1.3 SAPT et les molécules chargées négativement . . . . . . . . . . . . . . 41
3.2 Électrostatique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3.2.1 Effets de pénétration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.2.2 Construction du modèle électrostatique . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.2.3 Interactions électrostatiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
3.3 Induction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
3.3.1 Construction du modèle de polarisabilité . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
3.3.2 Énergie d’interaction d’induction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.3.3 Fonctions d’atténuation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.3.4 Énergie d’interaction d’induction entre molécules . . . . . . . . . . . . 66
3.4 van der Waals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
3.4.1 Différentes expressions du potentiel de van der Waals . . . . . . . . . 75
3.4.2 Détermination des paramètres de van der Waals . . . . . . . . . . . . 76
3.5 Énergie totale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
3.6 Vers les simulations de dynamique moléculaire . . . . . . . . . . . . 89
3.7 Traitement des moments induits en dynamique moléculaire . . . . 89
3.7.1 Le Lagrangien étendu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
3.7.2 Le traitement auto-cohérent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
3.8 Code de dynamique moléculaire : Tinker . . . . . . . . . . . . . . . 91
3.9 Cas d’une simulation de l’eau . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92