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1.1. Champs de force additifs de paire 5
Interactions de valence :
L’énergie de liaison est décrite par un potentiel harmonique, dans lequel l’énergie varie
selon le carré du déplacement par rapport à la longueur de la liaison de référence r0 (en Å)
avec r la longueur de la liaison, et KL la constante de force de la liaison en kcal.mol −1 .Å −2 .
L’énergie de déformation angulaire est également décrite par un potentiel harmonique où
θ0 est la valeur de l’angle de référence en degré, θ est la valeur de l’angle en degré et Kθ
est la constante de force de l’angle en kcal.mol −1 .
L’énergie de torsion associée à l’angle dièdre φ (en degré) est une fonction périodique où
les Vn sont des termes d’énergie exprimés en kcal.mol −1 , n est le terme de multiplicité
(nombre de minima entre 0 et 360˚) et γ le facteur de phase (en degré).
L’énergie associée à la déformation des angles dièdres impropres ψ (en degré) est
décrite par un potentiel harmonique où ψ0 est l’angle dièdre de référence. Grâce à une
constante de force Kψ (en kcal.mol −1 .Å −2 ) élevée, ce terme permet de fixer la config-
uration d’un groupe d’atomes composé d’un atome central lié chimiquement à trois autres.
Interactions d’atomes non-liés :
Ces interactions impliquent les atomes d’une même molécule séparés par plus de deux
liaisons chimiques ou les atomes de différentes molécules. Elles sont de deux natures : les
interactions électrostatiques et de van der Waals. Lorsque les atomes sont séparés par
exactement trois liaisons chimiques (termes dits « 1–4 »), les contributions entre atomes
non-liés sont pondérées par le facteur k 1−4 .
Les interactions électrostatiques entre deux atomes i et j sont calculées avec la loi de
Coulomb où qi et qj sont les charges partielles portées par les atomes i et j et rij, en Å,
est la distance entre les deux atomes i et j.
Les interactions de van der Waals sont décrites par un potentiel de Lennard-Jones en 6–12
où εij et R ∗ ij
sont les paramètres de Lennard-Jones pour l’interaction entre les atomes i et
j et rij, en Å, est la distance entre les deux atomes i et j. εij correspond à la profondeur