2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2005/2006Uppsala tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerBioinformatik, 5 poängBioinformatics1TS200Kursplanen är fastställd 2003-05-22 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämnden och senastreviderad 2004-06-03 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet System i teknik och samhälleStudieperiod: Kursen ges i period 43Mål för utbildningenMed tillämpning av matematiska, statistiska och datorvetenskapliga arbetsmetoder skall kursenge kunskaper om bioinformatik och dess relation till de molekylära och evolutionära processersom formar de biologiska sekvenserna (protein och DNA). Med modeller av dessa processersom grund skall kursen ge förståelse för och färdighet i att använda datorbaserade algoritmer föranalys av sekvenser och kompletta genom.Kursens innehållHistorik över utvecklingen av metoder och tekniker inom bioinformatik och molekylärbiologi.Internationella databaser och lagring av biologisk information. Metoder att extraherainformation från databaser. Det humana genomets organisation. Bioinformatikens roll i denfarmaceutiska industrin och i samhället. Etiska problemställningar angående tillgänglighet avbiologiska data. Under kursens första del presenteras teori och grundläggande begrepp inombioinformatik. Datorprogram för analys av gener, proteiner och hela genom introduceraslöpande under kursens gång. Biologiska tillämpningar illustreras med realistiska exempel frånpågående forskning. Kursorganisationen liknar ett litet genomprojekt där obehandlad datasuccessivt detaljanalyseras med bioinformatiska verktyg. Under kursen behandlas etiskafrågeställningar om sekvensinformation från genom.Särskild behörighet: Cell- och molekylärbiologi. Numerisk analys I. Matematisk statistik.Undervisningsform: Föreläsningar, seminarier och datorövningar.Examinationsform: Skriftligt prov vid kursens slut. För att kursen skall bedömas med betygetgodkänd (3, 4 eller 5) krävs att litteraturuppgifter och datorövningar bedömts godkända.Betyg: Något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) eller medberöm godkänd (5)KurslitteraturBaxevanis, A.D. & Oulette, B.F.F. Bioinformatics. A Practical Guide to the Analysis of Genesand Proteins. John Wiley & Sons, Inc. 2nd ed., 2001.Web-baserat instuderingsmaterial som beskriver bakgrunden till de biologiska problem somstudenten skall lösa samt algoritmerna bakom de datorprogram som skall användas. Tillmaterialet hör enkla guider som steg för steg hjälper studenten att navigera sig igenomdatorprogrammen.Nivå: Kursen ges på D-nivåÄmne: Kursen ges inom huvudämnet Biologi. Kursen ges inom huvudämnet TeknikKursansvarig institutionInstitutionen för biologisk grundutbildning119