2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2005/2006Uppsala tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerMolekylär och statistisk mekanik, 4 poängMolecular and statistical mechanics1MB280Kursplanen är fastställd 1994-04-19 av Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden och senastreviderad 2003-06-18 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik och i bioinformatikStudieperiod: Kursen ges i period 33Mål för utbildningenAtt ge kunskap om moderna datorsimuleringsmetoder för att studera molekylers mekanik ochdynamik. Statistisk mekanisk teori och tillämpningar på molekylära system. Att introducerastudenten till en integrerad datorsimuleringsmiljö för att analysera biomolekylers struktur,funktion och dynamik.Kursens innehållMaxwell-Boltzmann fördelningar, ensembler, molekylära och kanoniska tillståndssummor,kinetisk gasteori, transition-state teori, konfigurationsfördelningar, icke-ideala gaser, enklavätskor, analytiska kraftfält för växelverkande system, energioptimering, Monte Carlo-metoder,molekyldynamiska (MD) simuleringsmetoder och algoritmer, termodynamiskastörningsmetoder.Laborationer: Kraftfält och små molekylers dynamik, potentiella energiytor, energiminimeringoch konformationsanalys, MD-simuleringar av vatten och små peptider, radielladistributionsfunktioner, MD-simulering av proteiner, fria-energi simuleringar, drug design.Särskild behörighetAlgebra och geometri. Analys. Mekanik I. Termodynamik. Kvantmekanik.Organisk kemi medanalytiska teknikerUndervisningsformFöreläsningar, laborationer.ExaminationsformSkriftligt prov vid kursens slut. För att kursen skall bedömas med betyget godkänd fordras attlaborationerna bedömts godkända.Två extra provtillfällen anordnas varje läsår, vid terminens slut och i augusti.Betyg: Något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och medberöm godkänd (5)KurslitteraturAtkins P.W.: Physical Chemistry, 6 th ed., Oxford University Press, 1998.Grant G H & Richards W G: Computational Chemistry, Oxford University Press, 1996.Stenciler.Nivå: Kursen ges på C-nivåÄmne: Kursen ges inom huvudämnet TeknikKursansvarig institution Institutionen för biologisk grundutbildning356