12.07.2015 Views

2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK <strong>2005</strong>/<strong>2006</strong><strong>Uppsala</strong> tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerFylogenianalys, 5 poängPhylogenetics1MB601Kursplanen är fastställd 2004-04-30 av teknisk- <strong>naturvetenskapliga</strong> fakultetsnämnden och senastreviderad <strong>2005</strong>-05-23 av teknisk- <strong>naturvetenskapliga</strong> fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i bioinformatikStudieperiod: Kursen ges i period 42Mål för utbildningenKursen ger grundläggande kunskaper om modern teoribildning för fylogenetisk inferens ochevaluering, och om hur fylogenier kan användas för att lösa biologiska problem. Kursen geräven färdigheter i fylogenianalys, främst av DNA-sekvensdata.Kursens innehållFylogenetiska träd och andra modeller. Optimalitetskriterier för val av hypotes; parsimoni,trolighetsskattning – maximum likelihood, metoder baserade på parvisa distanser.Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitetmellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; omarrangemang, Markov Chain MonteCarlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser; återstickprov ochpermutationer, trädform. Koalescens, rekombination, horisontell genöverföring. Komparativametoder.Särskild behörighetDiskreta strukturer inom Bioinformatik II.UndervisningsformFöreläsningar, lektioner, inlämningsuppgifter.ExaminationsformSkriftlig tentamen vid kursens slut. För godkänd kurs krävs godkända laborationer ochinlämningsuppgifter.BetygNågot av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) eller med berömgodkänd (5)KurslitteraturFelsenstein, J., Inferring phylogenies, 2003, Sinauer.Kompendier och stencilerat material.Nivå: Kursen ges på D-nivåÄmne: Kursen ges inom huvudämnet BiologiKursen ges inom huvudämnet MatematikKursen ges inom huvudämnet TeknikKursansvarig institutionInstitutionen för biologisk grundutbildning213

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!