2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2005/2006Uppsala tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerMolekylär bioinformatik, 3 poängMolecular Bioinformatics1MB330Kursplanen är fastställd 1997-05-15 av Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden och senastreviderad 2005-04-09 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknikStudieperiod: Kursen ges i period 33Mål för utbildningenKursen skall ge grundläggande kunskaper och förståelse för den teori (strukturbiologi,enzymologi, mönsterigenkänning) som ligger till grund för utveckling av nya bioinformatiskaanalysverktyg. Kursen skall också ge färdigheter i hur bioinformatiska verktyg används ipraktiken och hur den underliggande teorin kan utnyttjas för att tolka resultaten från olikaanalyser.Kursens innehållBiologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggandemakromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteineri strukturfamiljer, program för modellbygge. Relation mellan sekvens, struktur och funktion.Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion avgemensamma särdrag (t.ex. motiv). Datormodellering av tredimensionell struktur baserad påsekvensdata; sekvensanalys för modellering av sekundär och tertiär struktur. Introduktion tillhur metoder för mönsterigenkänning som lär sig från exempel (t.ex. Hidden Markov Models ochartificiella neuronnät) kan användas för utveckling av nya bioinformatiska analysverktyg.Fylogeni. Strukturbaserad läkemedelsutveckling. Sekvens och struktur av membranproteiner.Analys av expressionsdata (mikroarrayer).Datorövningar: Sekvensdatabaser. Hidden Markov Models. Strukturdatabaser. Strukturanalys.Homologimodellering. Strukturprediktion. Analys av expressionsdata.Särskild behörighetOrganisk kemi med analytiska tekniker. Cellbiologi. Termodynamik. Matematisk statistik.Programmeringsteknik I. Beräkningsvetenskap I.UndervisningsformFöreläsningar och datorövningarExaminationsformHemuppgifter och skriftligt prov vid kursens slut. I kursen ingående laborationer/övningar ärpoängsatta med 1 poäng.BetygNågot av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med berömgodkänd (5)KurslitteraturVetenskapliga artiklar, utdrag från läroböcker, stenciler och kompendium med allmäninformation om bioinformatiska resurser på InternetNivå: Kursen ges på C-nivåÄmne: Kursen ges inom huvudämnet BiologiKursen ges inom huvudämnet Kemi,Kursen ges inom huvudämnet TeknikKursansvarig institution Institutionen för biologisk grundutbildning353