2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2005/2006Uppsala tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerBooleska metoder inom bioinformatik, 5 poängBoolean Methods in Bioinformatics1MB605Kursplanen är fastställd 2004-04-30 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämnden och senastreviderad 2005-05-06 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet BioinformatikStudieperiod: Kursen ges i period 44Mål för utbildningenKursen syftar till att ge fördjupade kunskaper och förståelse för hur booleska metoder kananvändas för att stödja regelbaserad modellering inom livsvetenskaperna med utgång i storamängder av data såsom t.ex. genexpressions-, molekylära interaktions-, annotationsdata ochkombinationer av kliniska och genomiska data. Kursen skall skapa en fördjupad förståelse förhur avancerade lärande system och kunskapssystem kan användas för att lösa bioinformatiskaproblem.Kursens innehållIntroduktion till booleska funktioner. Transformation och förenkling av booleska uttryck.Information, beslutsystem och rough sets. Egenskaper och dess syntes och urval. Träning ochvalidering av modeller. Statiska egenskaper av modeller. Exempel av tillämpningar inomlivsvetenskaperna inkluderar: klassificering med hjälp av expressionsdata, prediktering avgenfunktion från expressionstidsprofiler och genomiska databaser, modellering avtranskriptionsmekanismer, ligand-receptor bindningar, drogresistens, prediktering avproteinfunktion från struktur och modellering med hjälp av kliniska och genomiska data.Föreläsningar varvas med datorlaborationer med verkliga och syntetiska data.Särskild behörighetMatematisk statistik. Programmeringsteknik II. Diskreta strukturer inom bioinformatik II.Datastrukturer. Kunskapsbaserade system inom bioinformatik.UndervisningsformFöreläsningar, seminarier, datorövningar, inlämningsuppgifter och projektarbete.ExaminationsformSkriftlig tentamen vid kursens slut samt hemuppgifter. För godkännande krävs också godkäntprojekt.BetygNågot av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med berömgodkänd (5).Övriga föreskrifterOmtentamen i betygshöjande syfte kan ej ske efter att sammanfattningsbetyget för kursen satts.KurslitteraturKompendium. Vetenskapliga artiklar.NivåKursen ges på D-nivåÄmne Kursen ges inom huvudämnet Biologi, Datavetenskap och TeknikKursansvarig institution Institutionen för biologisk grundutbildning127