2005/2006 - Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten - Uppsala ...

UPPSALA UNIVERSITET STUDIEHANDBOK 2005/2006Uppsala tekniska högskolaCivilingenjörsprogrammenKursplanerKunskapsbaserade system inom bioinformatik, 5 poängKnowledge-based systems in Bioinformatics1MB602Kursplanen är fastställd 2004-04-30 av teknisk- naturvetenskapliga fakultetsnämndenKursens placering i utbildningsprogramKursen ges inom Civilingenjörsprogrammet i bioinformatikStudieperiod: Kursen ges i period 42Mål för utbildningenKursen skall ge kunskap om principer och metoder för representation och inferens medbiomedicinsk kunskap (genontologier, metaboliska, proteomiska och andra kunskapsbaser).Kursen skall vidare ge insikt inom datavetenskapliga principer för representation och inferens,maskininlärning, samt sökning och hantering av icke-strukturerade informationskällor såsomtextdatabaser.Kursens innehållDatavetenskapliga grunder för kunskapsrepresentation och logiskt resonemang. Grundläggandekoncept såsom diskreta sökrymder och sökalgoritmer. Introduktion till maskininlärning.Modellering med hjälp av villkorssystem. Simulering av biologiska system, artificial life.Introduktion till tillnärmat resonemang och beslutsstöd. Introduktion till analys av naturligaspråk och textförståelse, med tillämpningar inom funktionell genomik. Grundläggandelogikprogrammering och funktionell programmering. Metoderna tillämpas på ett brett spektrumav bioinformatiska problem. Data hämtas från biologiska och medicinska kunskapskällor såsomfunktionsdatabaser (Gene Ontology), databaser för metaboliska nätverk (KEGG),genomdatabaser, proteindatabser (SwissProt mfl), artikeldatabser (PubMed), patientjournalermm. I kursen ingår laborationer samt ett projekt där ett utvalt biologiskt problem studeras.Litteraturseminarier skall ge utblickar till intressanta problemområden i ämnet.Särskild behörighetProgrammeringsteknik I. Datastrukturer. Diskreta strukturer inom bioinformatik I.UndervisningsformFöreläsningar, seminarier, datorövningar, inlämningsuppgifter och projektarbete.ExaminationsformSkriftlig tentamen vid kursens slut samt hemuppgifter. För godkännande krävs också godkäntprojekt.Betyg: Något av betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och medberöm godkänd (5).Övriga föreskrifterOmtentamen i betygshöjande syfte kan ej ske efter att sammanfattningsbetyget för kursen satts.KurslitteraturKompendium. Artiklar ur vetenskapliga tidskrifter.Nivå: Kursen ges på D-nivåÄmne: Kursen ges inom huvudämnet BiologiKursen ges inom huvudämnet DatavetenskapKursen ges inom huvudämnet TeknikKursansvarig institutionInstitutionen för biologisk grundutbildning286