Manual para la comercialización y producción de semillas - Inia

MANUAL PARA LA COMERCIALIZACIÓN Y PRODUCCIÓN DE SEMILLAS Y PLANTAS FORESTALES
Se trata de marcadores codominantes; esto, unido a la gran cantidad de microsatélites
existentes en el genoma y el elevado número de alelos de muchos de ellos los convierte
en marcadores muy adecuados para estudios de diversidad y para otros más específicos,
como análisis de parentesco y paternidad. Otra ventaja es la repetitividad y la sencillez de
su análisis. Además, las regiones que flanquean las repeticiones suelen estar muy conservadas
entre taxones próximos, por lo que la transferencia del marcador (utilización de los
mismos cebadores y similares condiciones experimentales) de una especie a otra suele ser
sencilla. Se compensa así el coste del desarrollo ex novo de cebadores para una especie,
que sí es elevado.
• PCR-RFLP. Esta técnica combina la amplificación de una región determinada
del genoma y su posterior digestión enzimática. Los fragmentos resultantes se separan
por electroforesis y se detectan mediante una tinción inespecífica (bromuro
de etidio, nitrato de plata...). Esta técnica se utiliza frecuentemente en el análisis
de genoma haploide (de copia única), como es el ADN de cloroplasto o
mitocondrial.
•AFLP(amplified fragment length polymorphism). En esta técnica, cuya principal
desventaja es su complejidad, se invierte el orden del proceso llevado a cabo en los
PCR-RFLP. En primera instancia se digiere el genoma completo con un par de enzimas
de restricción (generalmente, uno con baja frecuencia de corte y otro de frecuencia
media o alta). De esta manera se genera un número elevadísimo de
fragmentos (tan elevado que un gel de electroforesis no sería interpretable). A continuación,
tras añadir unos adaptadores en los extremos de los fragmentos, se realizan
dos amplificaciones selectivas por PCR, limitando el número de fragmentos
a analizar. La detección tras la correspondiente electroforesis se realiza por hibridación
con una sonda marcada o, preferentemente, gracias a la inclusión de un cebador
marcado con un fluoróforo en la última de las amplificaciones. La interpretación
de los geles se realiza en función de la presencia o ausencia de bandas en
cada tamaño, tratándose por tanto de marcadores dominantes (no puede conocerse
qué bandas corresponden a las dos copias de cada locus). Pese a esta dominancia,
el número tan elevado de bandas polimórficas anónimas que se obtiene con esta técnica
es tan elevado que la convierte en una de las de mayor potencia de diagnóstico,
revelando en un único experimento un patrón o huella (fingerprint) específico
(virtualmente único) para cada individuo.
Otros tipos de marcadores moleculares como los S-SAPs (sequence-specific amplified
polymorphism), los M-SAPs (methylation-sensitive amplified polymorphism) o los
SAMPLs (selective amplified microsatellite polymorphic loci) constituyen variantes de los
AFLPs.
• SNP (single nucleotide polymorphism). Esta técnica consiste en la detección de
cambios en un único nucleótido (sustitución), empleándose para ello diversas técnicas
de laboratorio. Se trata de la mutación más frecuente y, por tanto, el número
de polimorfismos analizables es virtualmente inacabable. Algunos de estos poli-
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