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2.4 Analisi ISSR
L’analisi ISSR è stata condotta sui due gruppi (Risanato – Non risanato) secondo il protocollo
già riportato nel capitolo III paragrafo 2.4. Sono stati utilizzati i primer riportati nella tabella
19 (British Columbia University). Per ciascuno dei primer testati sono state individuate le
condizioni ottimali di amplificazione PCR.
Tabella 19. Sequenze dei primers ISSR e temperature di annealing (Ta) utilizzate per le
reazioni PCR.
2.5 Analisi AFLP
Primer
Sequenze
3'→5' Ta (°C)
810 (GA)8T 43
811 (GA)8C 43
812 (GA)8A 44
818 (CA)8G 52
826 (AC)8CC 53
834 (AG)8YT 45
841 (GA)8YC 45
855 (AC)8YT 52
856 (AC)8YA 50
857C (AC)8YGC 59
857G (AC)8YGG 58
Y= pirimidine; R=purine.
L’analisi AFLP è stata condotta seguendo il protocollo già riportato nel capitolo III paragrafo
2.3. Nell’amplificazione sono stati utilizzate dodici combinazioni di primer con 2 basi
selettive, ottenute abbinando 3 primer Mse (MAC, MTT, MGC) e 4 Pst (PCA, PAC, PCT
PCG).
2.6 Analisi statistica
I risultati delle reazioni di amplificazione sono stati separati mediante gel di acrilammide
(6%) analizzato con il Genomix della Beckman Coulter. Dai profili di amplificazione sono
state analizzate le bande per i marcatori AFLP e per gli ISSR da cui si è ottenuta una matrice
0 e 1, attribuendo 0 all’assenza ed 1 alla presenza della banda.
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