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I pregi di velocità, sensibilità, semplicità e selettività hanno reso la tecnica della PCR una
procedura eccellente per esaminare la struttura e la funzione di un gran numero di alleli
diversi in campioni di DNA quantitativamente limitati.
3.3.2.1 RAPD (Random Amplified polymorphic DNA)
L’analisi del polimorfismo di sequenze di DNA amplificate casualmente o RAPD (Randomly
Amplified Polymorphic DNA) si basa sulla tecnica della PCR (Williams et al., 1990).
Anziché primer specifici, per l’amplificazione casuale di regioni del genoma vengono
utilizzate piccole sequenze oligonucleotidiche (in genere primer di dieci nucleotidi, o
decametri, contenenti il 50% di GC), che appaiandosi casualmente al DNA stampo producono
un profili di amplificazione che viene analizzato mediante separazione elettroforetica e
colorazione con etidio bromuro.
I RAPD hanno il vantaggio di non richiedere l’uso di radioattivo o sonde, come gli RFLP, né
di primer specifici, di non essere particolarmente laborioso e complessi, di essere
relativamente economici e di richiedere minime quantità di DNA stampo (15-25 ng).
L’inconveniente principale dei RAPD è determinato dalla scarsa riproducibilità dei profili
RAPD, particolarmente fra esperimenti condotti in laboratori diversi. I RAPD, inoltre,
rilevano un moderato livello di polimorfismo, quindi è necessario analizzare un numero
elevato di primer per poter identificare i più informativi. Infine, essendo dominanti
(presenza/assenza del prodotto di amplificazione) nella maggior parte dei casi, complicano
l’analisi genetica e la selezione, particolarmente nelle specie allogame, come il carciofo,
caratterizzate da un elevato grado di eterozigosi.
3.3.2.2 SSR (Simple Sequence Repeat)
Nel genoma eucariote esiste un’altra classe di sequenze ripetute: i microsatelliti (Tautz, 1988;
Dietrich et al., 1992; Morgante e Olivieri, 1993; Bell e Ecker, 1994). In questo caso si tratta di
sequenze costituite dalla ripetizione di un breve motivo di base di lunghezza generalmente
compresa tra 1 e 6 bp (Tautz, 1998).
Nell’ambito del genoma nucleare delle specie eucaristiche sono piuttosto abbondanti (Tautz e
Renz, 1984; Gupta et al., 1996) sebbene la loro frequenza possa variare a seconda degli
organismi (Morgante e Olivieri, 1993; Lagercrantz et al.,1993). Nel caso delle specie
coltivate, in particolare, è stata documentata la variazione delle ripetizioni (AC)n e (GA)n
(Gupta e Varshney, 2000). Nel genoma delle piante sono state individuate anche le ripetizioni
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