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Mse) in combinazione con un primer omologo ad un tratto terminale LTR, altamente
conservata del retrotrasposone.
Una parte dei polimorfismi rilevabili con questa tecnica deriva da variazioni a carico dei siti
di restrizione o delle sequenze ad essi fiancheggianti dove discriminano le basi selettive dei
primer AFLP, una parte da variazioni a carico della sequenza nella regione 5’ in
corrispondenza delle LTR o ancora da modificazioni riconducibili a duplicazioni inserzionali
a carico del retrotrasposone.
I vantaggi e gli svantaggi di questa tecnica sono analoghi a quelli degli AFLP. Questa classe
di marcatori è molto utile in analisi filogenetiche al fine di ricavare informazioni
sull’evoluzione del genoma di una specie.
3.3.2.7 STS (Sequence – Tagged Sites)
Pur nella varietà di acronimi, tali tecniche sono accomunate da procedure simili che
consentono di indagare via PCR il polimorfismo di sequenze specifiche. In questo caso
vengono utilizzati primers in grado di riconoscere sequenze specifiche fiancheggianti soltanto
quelle che si desidera amplificare.
Pertanto è necessario conoscere la sequenza nucleotidica di un gene o di un qualsiasi altro
locus, sulla base della quale sintetizzare primers di circa 20 nucleotidi complementari alle
regioni fiancheggianti (iniziale e finale) il tratto di DNA che si vuole amplificare. I prodotti
specifici di amplificazione possono poi essere digeriti enzimaticamente per evidenziare
ulteriori polimorfismi nelle sequenze amplificate.
I vantaggi di questi marcatori sono l’elevata riproducibilità e l’eredità spesso codominante.
Hanno il principale svantaggio in ciò che li caratterizza: la necessità di ciniscere la sequenza
delle regioni da amplificare. Sono stati utilizzati soprattutto per lo studio del polimorfismo in
regioni gnomiche specifiche o per selezione assistita (Pecchioni et al., 1993).
3.3.2.8 SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
Come suggerisce il nome, questa classe di marcatori molecolari, adottata solo di recente nelle
specie vegetali (mais, riso, soia, pomodoro) consente di mettere in evidenza il polimorfismo
riconducibile a differenze per i singoli nucleotidi (Jordan e Humphries1994).
Gli SNP possono essere isolati a partire sia da sequenze codificanti, sia da sequenze non
codificanti. Ci sono regioni ricche di SNP e regioni povere, dove non sono tollerate delle
mutazioni. Quindi è più facile trovare SNP nelle regioni introniche che, non essendo tradotte,
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