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amplificazione differiscono in peso tanto da non sovrapporsi l’uno con l’altro nella stessa
linea di gel (Mitchell et al., 1997), possibilità di combinare primer marcati con fluorescina che
emettono a differente lunghezza d’onda e codominanza.
Lo sviluppo di marcatori STMS richiede però il clonaggio ed il sequenziamento delle
sequenze microsatelliti “bersaglio” pertanto il costo iniziale per la loro messa a punto e
piuttosto elevato.
Inoltre, le sequenze microsatelliti possono avere sequenza variabile a seconda della specie.
Ciò rende difficoltoso lo studio di relazioni filogenetiche anche tra specie nell’ambito dello
stesso genere. L’analisi del polimorfismo SSR è pertanto indicata soprattutto a livello
intraspecifico.
Gli SSR sono stati proposti per lo studio nei vegetali nel 1993 (Morgante e Olivieri, 1993). Da
allora hanno trovato applicazioni in moltissimi campi con un notevole impatto nell’ambito del
miglioramento genetico. In particolare sono stati utilizzati per il fingerprinting varietale, la
costruzione di mappe genetiche, negli studi di associazione con geni di importanza agraria
(gene tagging, analisi QTL) e in programmi di selezione assistita dai marcatori (Markerassisted
slection, MAS).
Grazie alla codominanza e al multiallelismo hanno trovato larghissimo impiego anche in studi
di ecologia e genetica delle popolazioni. (Saghai-Maroof et al., 1994; Bowers et al., 1996;
Provan et al., 1999; Li et al., 2000; Turpeinen et al., 2001).
3.3.2.3 ISSR (Inter - Simple Sequence Repeat)
I primi studi relativi all’utilizzo della tecnica ISSR risalgono al 1994 (Gupta et al., 1994; Wu
et al.,1994; Zietkiewicz et al.,1994). Da allora, a seguito di una rapida diffusione, la tecnica è
stata applicata in numerose specie vegetali (Godwin et al., 1997).
Principi della tecnica: questa tecnica si basa sull’abbondanza delle sequenze microsatelliti
nel genoma degli eucarioti (Lagercrantz et al., 1993). I marcatori ISSR permettono di
amplificare zone comprese tra due sequenze microsatelliti (zone intermicrosatellite), e
prevedono l’utilizzo di un solo primer ancorato ad una delle estremità. Per la rilevazione di
questi marcatori, infatti, si utilizzano primer oligonucleotidici (16-25 bp) costituiti dalla
ripetizione di monomeri molto semplici quali (CA)n, (TC)n, (AGC)n, ecc. Tali primer possono
presentare alcune basi selettive (da una a quattro) all’estremità 5’ o 3’ con la funzione di
ancorare il primer ad una precisa porzione del microsatelliti complementare (Zietkiewicz et
al.,1994) oppure essere privi di tali nucleotidi-ancorati (Gupta et al., 1994; Wu et al.,1994).
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