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Questo approccio è stato descritto ance come MP-PCR (Microsatelliti-Primed PCR) o SPAR
(Singel Primer Amplification Reaction, Gupta et al. 1994) o non anchored ISSR (Bornet et
Branchard, 2001). L’utilizzo di un unico primer consente di amplificare solamente le zone
comprese tra due sequenze ripetute ed invertite, purché esse siano di dimensioni amplificabili
(vale a dire tra le 200 e le 2500 bp di distanza) (Zietkiewicz et al.,1994). L’impiego di basi
selettive aumenta la specificità del primer riducendo il numero di bande amplificabili a quelle
che presentano, a fianco della sequenza ripetuta, le basi complementari alle basi selettive.
Ovviamente soltanto i primer ancorati in 5’ è possibile amplificare interamente anche i due
microsatelliti che delimitano il marcatore; nel caso di primer ancorati in 3’, infatti il tratto
amplificato comprende solo la regione interna terminale dei due microsatelliti.
I marcatori ISSR sono caratterizzati da una elevata riproducibilità dovuta all’utilizzo di primer
di lunghezza maggiore rispetto a quelli utilizzati per le amplificazione RAPD, consentendo
quindi di utilizzare temperature di annealing maggiori (dipendenti dal contenuto in basi GC
ma solitamente tra i 50 ed i 60°C) e quindi condizioni si maggiore stringenza. Alcuni studi
effettuati sulla riproducibilità hanno dimostrato che il 92-95% delle bande totali rilevabili
sono riproducibili e che, eliminando dai conteggiale bande caratterizzate da una minore
intensità, tali percentuali aumentano significativamente (Fang e Rose 1997; Moreno et al.,
1998).
I marcatori ISSR sono in grado di evidenziare polimorfismi che si possono manifestare in
seguito ala presenza di inserzioni/delezioni all’interno delle zone comprese tra i siti
complementari al primer, questa situazione determina modificazioni nella lunghezza del
frammento amplificato; oppure la presenza di polimorfismi è rivelata dalla presenza di
mutazioni a livello delle basi complementari ai nucleotidi-ancorati, in questo caso si ha la
perdita di un sito di innesco per l’amplificazione del frammento. I polimorfismo osservati
possono dipendere anche dalla variazione dell’numero di ripetizioni presenti nei loci
microsatelliti a causa del fenomeno dello slippage della DNA polimerasi; questo fenomeno è
considerato la causa principale dell’elevata variabilità dei marcatori microsatelliti (Levinson e
Gutman 1987). Tali polimorfismi sono evidenziabili solo nel caso di utilizzo di primer
ancorati in 5’.
La tecnica ISSR può essere applicata su tutte quelle specie che contengono un numero
sufficiente di sequenze ripetute a distribuzione casuale lungo il genoma e possiede il
vantaggio che non è necessario conoscere sequenze gnomiche della specie in studio. Il
potenziale informativo della tecnica è quindi funzione della varietà e frequenza delle zone
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