Hereditäre Tumorsyndrome des Kolons und Rektums

3.3. Computergestützte Bildanalyse
Die Erfassung, Analyse und der Vergleich der Positionen von Proteinen auf dem
jeweiligen Gel erfolgt mit einer leistungsstarken Software. In der vorliegenden
Arbeit wurde die Software PDQuest 7.3 von Bio-Rad benutzt.
Zunächst sind die Gele mit dem GS-710 Image Densitometer (BioRad)
eingescannt worden (Abb.13).
3.3.1. Detektion der Proteinspots im Gel
Das Detektieren der als Spots imponierenden Proteine respektive der
Proteinisoformen („spot detection“) erfolgt software-gestützt. Über die Funktion
„find spot centers“ werden die Spotzentren automatisch aufgesucht und mit einem
Kreuz markiert. Gleichzeitig wird der Hintergrund subtrahiert und das sog.
„streaking“ (streifenförmige Artefakte) entfernt. Die Sensitivität dieses
Arbeitsschrittes kann manuell reguliert werden, bis alle (auch schwache) Proteine
detektierbar sind. Die richtige Position der Kreuzmarkierungen muss für alle Spots
in allen relevanten Gelen vom Untersucher manuell kontrolliert werden. Nur solche
Proteinspots stehen der späteren Evaluation zur Verfügung, die in diesem
Arbeitsschritt detektiert und markiert wurden. Die Funktion „Gaussian Model
During Test“ erlaubt überlappende Spotcluster zu identifizieren, die Spots
voneinander zu differenzieren und macht somit eine genaue Quantifizierung
möglich. Die für ein spezielles Experiment optimierten Detektionsparameter
können gespeichert und so auf alle Gele der Studie übertragen werden. So wird
eine homogene Detektion für alle unter gleichen experimentellen Bedingungen
gelaufenen Gele, die identisch gefärbt und gescannt wurden, garantiert. Die
Software speichert den originären „Scan-file“ (Rohdatenfile), ein gefiltertes Image
(Kopie des Orginalscans mit Filterung und Detektion) und das synthetische
„Gaussian Image“ mit den differenzierten Proteinspots. Jedem markierten
Spot/Protein wird automatisch eine laufende Nummer („SSP number“) zugeordnet.
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