Hereditäre Tumorsyndrome des Kolons und Rektums

strukturieren, zu vereinfachen bzw. zu veranschaulichen, indem eine Mehrzahl
statistischer Variablen durch eine geringere Zahl möglichst aussagekräftiger
Linearkombinatinen (Hauptkomponeneten) genähert wird. Geometrisch
interpretiert wird diejenige Basis gewählt, bei welcher die Summe der Abstände zu
den Datenpunkten minimal wird. Dies erfolgt durch das Herausfinden von zwei bis
drei linearen Komponenten der ursprünglichen Merkmale, die am besten die
Variation in den Daten zusammenfassen. Wenn ein Großteil der Variationen durch
diese bedeutenden Komponenten erfasst wird, können aus diesen Daten einzelne
Gruppen mit spezifischen Eigenschaften festgestellt werden.
Der Korrelationsekoeffizient ist ein dimensionsloses Maß für den Grad des
linearen Zusammenhangs (Zusammenhangsmaße) zwischen zwei
intervallskalierten Merkmalen. Er kann Werte zwischen −1 und 1 annehmen. Bei
einem Wert von +1 (bzw. −1) besteht ein vollständig positiver (bzw. negativer)
linearer Zusammenhang zwischen den betrachteten Merkmalen. Wenn der
Korrelationskoeffizient den Wert 0 aufweist, hängen die beiden Merkmale
überhaupt nicht voneinander ab.).
3.4. Massenspektrometrische Identifikation
Die Proteine, die statistisch signifikante Regulationsunterschiede aufwiesen und
von biologischer Relevanz schienen, wurden mittels Massenspektrometrie
identifiziert. Hierzu war zunächst die Fragmentierung dieser Proteine nötig. Zur
Digestion solcher Polypeptide wurde Trypsin angewandt. Dies spaltet ein Peptid
spezifisch bei Arg-X und Lys-X Bindungen. Es wurde darauf geachtet, eine
Trypsinpräparation zu verwenden, die keine chymotryptische Nebenaktivität
besaß. Das pH-Optimum von Trypsin liegt zwischen 7.0 und 9.0. Definierte
gefärbte Proteinspots wurden mit Hilfe des “spot pickers” der Fa. Bio-Rad aus
speziell zur Identifikation angefertigten präparativen Gelen (Gele mit Proteinloads
bis zu 1mg Protein/ Gel) herausgeschnitten. Mit dem MassPREP robotic protein
handling System (Micromass) wurden die Polypeptide fragmentiert 126 . Die
Gelstücke wurden durch zweimaliges Waschen mit 100µl 50mM
Ammoniumbicarbonat (Ambic)/ 50% Acetonitrit bei 40 Grad für zehn Minuten
entfärbt. Zur Reduktion wurden die Gele dann für 30 Minuten in 10mM DTT /
100mM Ambic gebadet und im Anschluss mit 55mM / 100mM Ambic für 20
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