Hereditäre Tumorsyndrome des Kolons und Rektums

3.3.2. Matchset
Ist die Proteinspot-Detektion auf allen zu untersuchenden Gelen abgeschlossen,
wird ein sogenanntes Matchset erstellt. Dies ist zum Vergleich der Spot
Expression zwischen allen Gelen Voraussetzung. Hierzu werden die zu
analysierenden Gele erwählt und dem Matchset ein Name gegeben. Ein
synthetisches „Mastergel“ wird generiert, dass alle Spots von allen Gelen im
Matchset enthält (Abb.14). Die PDQuest Software wählt als Vorlage für das
Mastergel das Gel mit der besten Qualität. Alternativ kann der „Master“ auch
willkürlich definiert werden (Wahl der Kontrolle z.B. Kolonnormalschleimhaut). Das
Matchset mit allen Gelen wird auf dem Bildschirm sichtbar. Die einzelnen zu
vergleichenden Gele werden in kleinen Fenstern angezeigt (Abb.15).
Standard / Referenz
Abb.14: Schematische Darstellung eines Matchsets mit Standard/ Referenzgel
Spots, die nur in einzelnen Gelen detektiert werden, können manuell dem
Mastergel zugeführt werden („add spot to master“). Durch die Struktur des
Matchsets wird es möglich, alle Proteinspots im Matchset bezüglich quantitativer
und qualitativer Unterschiede zu vergleichen. Die PDQuest Analyse Software
besitzt hierzu eine „automated matching“ Funktion, die in exzellenter Weise für
Gele von homogenen Proben (z.B. Zelllinien) funktioniert. Bei dem mehr
heterogenen klinischen Material, wie in der vorliegenden Arbeit, ist diese Funktion
unzureichend. Alle vom Programm „gematchten“ Spots wurden vom Untersucher
nachkontrolliert.
39