TESI Dottorato FAVILLA MARA - Università degli Studi del Molise

l’assenza di un dato prodotto di amplificazione in differenti individui è un carattere
altamente informativo per la valutazione della diversità o della somiglianza genetica
(Nicholson e Rezanoor, 1994).
Nella rep-PCR l’uso di primer aventi sequenze definite di circa 20 bp permette
di applicare condizioni di amplificazione sufficientemente stringenti da generare
profili generalmente specifici per un dato ceppo e notevolmente riproducibili. Gli
elementi ripetuti hanno la capacità di generare profili genomici complessi di 10 - 30
frammenti in un intervallo che va da meno di 200 bp a più di 6 kb per cui la rep-PCR
è stata estesamente applicata per identificare e differenziare ceppi batterici (Louws
et al., 1999; Lavermicocca et al., 2005). In particolare, la rep-PCR è stata impiegata
per distinguere 105 ceppi di Bacillus anthracis da altre specie del gruppo del
Bacillus cereus (Brumlik et al., 2001) e per chiarire le relazioni genetiche tra le
specie appartenenti al gruppo del Bacillus cereus (Cherif et al., 2003).
L’accertamento della posizione tassonomica di una determinata specie e la
caratterizzazione dei biotipi costituisce un aspetto importante nel settore della
microbiologia alimentare dove vi è la tendenza ad introdurre nuovi ceppi, selezionati
in base a specifiche proprietà tecnologiche (probiotici, bioconservanti, starter) di cui
però occorre avere una precisa conoscenza. Un importante vantaggio offerto dalle
tecniche di biologia molecolare è quello di quantificare e monitorare nel tempo la
biodiversità di una popolazione batterica a livello genetico. La diversità genetica
riflette il potenziale genetico totale di una comunità e, in aggiunta, a causa della
crescita selettiva e delle variazioni che inevitabilmente hanno luogo nel tempo,
riflette i cambiamenti delle condizioni ambientali. Tecniche di biotipizzazione
molecolare sono state infatti ampiamente utilizzate sia per studiare la biodiversità
delle popolazioni di batteri lattici coinvolti nei processi fermentativi sia per analizzare
come diversi fattori - composizione degli impasti, origine geografica, qualità delle
farine - influenzino la comunità lattica presente (Scheirlinck et al., 2007; Scheirlinck
et al., 2008; Van der Meulen et al., 2007; De Vuyst et al., 2002; Kostinek et al,.
2007).
Le tecniche di biotipizzazione non permettono generalmente l’identificazione
delle specie, pertanto a tale scopo è necessario utilizzare altre tecniche che
prevedono l’analisi delle sequenze nucleotidiche di particolari geni. Il gene del 16S
rRNA (16S rDNA), che codifica per l’RNA ribosomiale della subunità 16S, è il gene
più utilizzato per questo tipo di analisi. La dimensione del gene è di circa 1550 bp ed
è costituito sia da regioni conservate che variabili. Per l’identificazione dei batteri
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